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rna测序和单细胞测序的区别
生命科学
单细胞测序
(10×genomics技术)的原理是什么?
答:
1.单细胞测序与普通转录组测序的区别
普通转录组使用细胞混合物组成的样品进行测序,因此只能估计基因在细胞群中的平均表达水平
,没有考虑样本中各个细胞的基因表达的异质性。无法分析早期发育组织或复杂组织的异质系统(如大脑组织等)。为克服这一限制,开发了单细胞水平的转录组测序技术(scRNA-seq)。2....
转录组
测序和单细胞测序的区别
有哪些?
答:
转录组测序
和单细胞测序是两种常用的基因组学技术,
它们在研究基因表达和细胞异质性方面有所不同
。以下是它们的一些主要区别:样本类型:转录组测序通常使用组织样本或细胞系等大量细胞的总RNA进行分析,而单细胞测序则从单个活细胞中获取RNA,可以解析细胞个体之间的差异。RNA捕获方式:转录组测序常用的方法是...
单细胞RNA测序
答:
单细胞RNA测序是一种前沿技术,它通过解析单个细胞的基因表达,揭示了个体细胞间的多样性与复杂性
。让我们一起踏上这段探索之旅,从实验流程图的视角理解每个步骤的精密操作,它描绘了从采样到测序的全貌,包括细胞的分选、转录组的捕获和测序的执行,每一个环节都至关重要。数据的解读关键在于理解那些关...
scRNA-seq和snRNA-seq
有什么区别
?
答:
在单细胞研究的舞台上,scRNA-seq(
单细胞RNA测序
)与snRNA-seq(单核RNA测序)像是两把利剑,各自瞄准
不同
的挑战。scRNA-seq因其广泛的应用范围和基因丰富度而备受瞩目,但冻存样本的处理对其结果影响显著。相比之下,snRNA-seq通过关注细胞核转录,巧妙地绕过了解离和转录偏差,尤其适合冻存样本,却牺牲...
深度好文 |
单细胞RNA测序
技术简介
答:
单细胞测序的
数据分析主要包括以下三步:(i)计算基因表达矩阵。根据测序reads上的barcode和UMI标签将reads比对到特定细胞的特定基因上并计数,以获得每个细胞中
不同
基因的表达量;(ii)质控。去除基因表达量很少和线粒体DNA含量较高的细胞;...
单细胞
解离那些事
答:
在数据分析方面,单细胞核
RNA测序
可以获得内含子区、基因间区的数据,使细胞类型的鉴定分辨率更高,获得的基因信息相对更加丰富。很多老师想要研究某些特殊样本,例如心肌细胞和神经元;也有很多老师手上有颇为珍贵的临床冻存样本,但是受限于
单细胞测序
对于样本的严格要求——细胞数量要求大于105个、活细胞数...
单细胞测序
扫盲:是什么?为什么?怎么做?
答:
不过,针对具体的
测序
类型,给细胞加barcode的方案是有不小
的区别
的。对于
RNA
(转录组mRNA)来说,会比较容易理解一些。由于mRNA测序前需要做逆转录,那么我们只需要在poly T引物的5’端加入barcode即可。具体可见下面的示意图(来自文献doi:10.1038/nprot.2016.154):首先将
单细胞
悬液样品和带有barcode...
单细胞转录组测序
知识一隅
答:
单细胞转录组测序
(Single Cell RNA Sequencing)是在单细胞水平对mRNA进行全转录组扩增及高通量测序的一种高端技术,研究单个细胞内的整体基因表达情况,以及基因的结构变异。主要用于细胞分子机制中细胞异质性研究、以及样本量少而无法进行常规高通量测序等。单细胞RNA-Seq提供成千上万个单个细胞的转录谱...
单细胞
分析方法
答:
单细胞RNA测序的
一般实验工作流程始于将感兴趣的器官或组织解离。充分的样本准备是产生良好的单细胞转录组数据的先决条件。样品制备过程中的一个关键步骤,特别是对于致密组织,是单细胞解离,这通常是在温和的机械搅拌(在某些情况下通过组织灌注)下通过酶促实现的,以限制过多的细胞溶解和背景噪音[4]。蛋白水解酶(如胰...
单细胞RNA系列专题之一:
单细胞RNA测序
中质控之重要细节 (上篇)_百度...
答:
单细胞
RNA测序
是目前的一大热门。通过单细胞RNA测序,能够带给我们原来 bulk RNA (群体RNA)测序所得不到的信息,对于研究发育生物学、肿瘤生物学、免疫等有着极其重要的价值。
单细胞测序的
核心就是T-sne降维,以及聚类。那么在做这些工作之前的质控,会影响到整个分析的成败。这篇文章我就来给大家讲讲...
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