一、二者行政地位不同
卫生局是政府里面的组成部门，是地方各级医院的主管部门。
卫生监督所是卫生局二级机构，是卫生和计划生育委员会行使卫生和计划生育监督职能的执行机构，受卫生局委托进行卫生行政执法。
二、二者职责职能不同
1、卫生局主要职能
（一）贯彻执行党和国家有关卫生工作的方针、政策和法律、法规、规章；结合当地实际，研究起草卫生工作的地方性法规、规章草案和政策；研究制订当地卫生事业发展改革的有关方案、工作规划、政策和指导性意见，并组织实施。
（二）根据当地国民经济和社会发展总体规划，编制当地卫生事业的发展规划、区域卫生规划和年度工作计划，并负责组织实施。
（三）负责制定传染病和慢性非传染性疾病的防治规划。依法监测传染病，建立预警机制，防止和控制疫情的暴发和蔓延；组织开展全民健康教育与促进。
（四）负责当地突发公共卫生事件和涉及卫生的突发公共事件的应急管理工作；负责建立当地院前急救系统和医疗救治系统，组织开展应急医疗救护工作。
（五）负责对传染病防治、公共场所卫生、饮水卫生、学校卫生、职业卫生等相关公共卫生实施监督管理。研究监测各类与人群健康密切相关的重大危险、致病因素。
（六）负责对当地各级各类医疗卫生机构设置、医疗服务项目开设、医疗新技术运用、大型医用设备配置、医疗卫生从业人员以及母婴保健专项技术等实施许可准入和监督执法。依法动员、组织公民无偿献血，监督管理采供血机构及临床用血安全。
（七）负责制订或审定（审核、批准）各级各类医疗卫生机构的医疗、护理、医技及相关服务的质量标准、技术规范、职业道德规范，并实施监督和管理。
（八）依法管理医疗机构内部临床药事工作。协助价格主管部门制订医疗卫生服务价格，负责监管各级各类医疗卫生机构的医疗服务价格执行情况。
（九）负责制定当地中医药工作发展规划，促进中医药事业和中西医结合工作的协调发展。
（十）研究制定社区卫生、农村卫生、妇幼卫生、初级卫生保健工作规划和政策，并组织实施。
（十一）负责制订当地卫生科技发展规划，组织当地重大卫生问题研究和重点科研项目攻关，并指导科技成果的转化和推广；负责当地与人群健康有关的实验室及其实验活动的生物安全监督工作。
（十二）负责制定当地卫生人才发展规划；指导、组织开展卫生专业技术职务聘任和任职资格认证的有关工作；负责制定卫生从业人员继续教育和有关专业培养计划和方案，并组织实施。
（十三）负责收集、发布当地公共卫生、医疗服务等有关卫生信息和政务公开信息；组织开展医学卫生领域的国际交流与合作。
（十四）负责管理干部保健局；会同有关部门共同管理医疗保险局。
（十五）负责有关行政复议受理和行政诉讼应诉工作。
（十六）承办当地政府交办的其他事项。
2、卫生监督所主要职责为：
负责监督检查卫生计生法律法规的落实情况，依法开展公共场所卫生、饮用水卫生、学校卫生、医疗卫生、职业卫生、放射卫生、传染病防治、消毒产品、计划生育和中医服务等综合监督行政执法工作，查处违法行为。
三、二者下设部门不同
卫生局下设办公室、医政科、健教所、爱卫会等职能部门，分管食品卫生，执业医师法的实施，医疗事故的处理等等工作。
卫生监督所下设部门及职责如下：
办公室：负责全所行政管理、综合协调、计划、总结、文秘、档案、保密、安全保卫、应急、办公物资采购、应急物资管理供应、水电暖后勤保障、食堂及车辆管理工作。完成上级和领导交办的其他工作任务。
组织人事科：负责党务、精神文明、宣传报道、普法教育、团员青年以及人事和退休、离岗人员管理工作。完成上级和领导交办的其他工作任务。
财务科：负责财务、审计、国有资产管理。完成上级和领导交办的其他工作任务。
业务管理科：负责全所业务工作的综合协调、计划和总结，组织业务工作考核与检查。组织全市重大卫生监督执法检查专项整治工作；负责卫生监督信息化建设、卫生监督统计报告工作和网站管理；负责卫生监督协管工作；负责全所科研工作。完成上级和领导交办的其他工作任务
法制稽查科：负责处罚案件材料的初审、案件合议、报批及陈述申辩、听证、复议、行政诉讼案件应诉等工作，承办案件强制执行等相关事务；
负责全市卫生监督稽查工作；负责全市卫生监督员业务及法律法规的培训、考核；负责投诉、举报的受理和回复。指导全市法制稽查工作，完成上级和领导交办的其他工作任务。
预监审核科（许可受理审查科）：负责新建、改建、扩建项目的预防性卫生监督审查，按照规定参加或组织竣工验收；负责职责范围内卫生许可的受理、资料审查，并组织协调相关业务科室进行现场审查以及卫生许可证发放管理工作；
按照市卫生局要求，承担市卫生局行政审批大厅工作。指导全市预监审核和卫生许可工作。完成上级和领导交办的其他工作任务。
传染病监督科：负责全市医疗机构及采供血机构消毒隔离、疫情报告、医疗废物的卫生监督；负责全市病原微生物实验室生物安全的卫生监督；负责全市消毒产品生产经营企业的卫生监督；负责餐饮具集中消毒服务机构的卫生监督。指导全市传染病监督工作。完成上级和领导交办的其他工作任务。
医疗机构监督一科（计划生育监督科）:负责采供血卫生监督及查处非法采供血行为；负责相关区县医政监督、计划生育监督、放射诊疗机构卫生监督及查处非法行医行为；指导全市采供血卫生监督，指导相关区县医政监督、计划生育监督、放射卫生监督工作；组织协调全市计划生育监督、采供血卫生监督工作；
医疗卫生监督二科（放射卫生监督科）:责职业病诊断、鉴定机构和职业健康检查机构的卫生监督，负责放射卫生技术服务机构的卫生监督；
负责相关区县医政监督、计划生育监督、放射诊疗机构卫生监督及查处非法行医行为；指导全市职业卫生、放射卫生技术服务机构的卫生监督工作，指导相关区县医政监督、计划生育监督和放射卫生监督；组织协调全市放射卫生监督工作；
饮用水卫生监督科（学校卫生监督科）:负责生活饮用水供水单位和涉水产品生产、经营单位（个人）的卫生监督（不含市所直管公共场所内生活饮用水卫生监督），负责学校的综合卫生监督；指导全市生活饮用水卫生监督、学校卫生监督工作；
公共卫生监督科:负责公共场所的卫生监督及市所直管公共场所内生活饮用水卫生监督，负责消毒服务机构的卫生监督工作；指导全市公共卫生监督、消毒服务机构卫生监督工作；完成上级和领导交办的其他工作任务。
监察室：负责纪检监察工作。完成上级和领导交办的其他工作任务。
妇委会：负责妇委会及计划生育工作。完成上级和领导交办的其他工作任务。
团支部：负责共青团及青年工作。完成上级和领导交办的其他工作任务。
四、二者类型不同
卫生局是地方各级医院的主管部门：
卫生监督所是原先地方上的防疫站卫生监督所是隶属于卫生局的行政执法机构，代表卫生局进行行政执法。
参考资料来源：