截止2014年12月，昆明分院有5个下属院所，4个国家重点实验室，6个院重点实验室，8个院地共建重点实验室，2个院级研究中心，3个共建工程中心。 下属院所 院所名称地址中国科学院昆明植物研究所 云南省昆明市蓝黑路132号 中国科学院昆明动物研究所 云南省昆明市教场东路32号 中国科学院地球化学研究所 贵州省贵阳市乌当区林城西路 中国科学院西双版纳热带植物园 云南省勐腊县勐仑镇 中国科学院云南天文台 云南省昆明市官渡区羊方396号 实验室分布院所实验室名称备注中国科学院昆明植物研究所 植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室 国家重点实验室 中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室 中国科学院重点实验室 资源植物与生物技术重点实验室 云南省重点实验室 山地生态系统研究中心 中国科学院昆明动物研究所 遗传资源与进化国家重点实验室 国家重点实验室 中国科学院动物模型与人类疾病机理重点实验室 中国科学院重点实验室 动物生殖生物学重点实验室 中国科学院与云南省共建
云南省重点实验室 畜禽分子生物学重点实验室 中国科学院与云南省共建
云南省重点实验室 生态学与环境保护中心 生物资源与疾病分子机理联合实验室 中国科学院昆明灵长类研究中心 中国科学院生命条形码南方中心 中国科学院-云南省人民政府西南生物多样性实验室 昆明国家生物产业基地实验动物中心 中国科学院西双版纳热带植物园 中国科学院热带森林生态学重点实验室 中国科学院重点实验室 中国科学院热带植物资源可持续利用重点实验室 中国科学院重点实验室 中国科学院地球化学研究所 矿床地球化学国家重点实验室 国家重点实验室 环境地球化学国家重点实验室 国家重点实验室 中国科学院地球内部物质高温高压实验室 中国科学院重点实验室 月球与行星科学研究中心 中国科学院云南天文台 中国科学院天体结构与演化重点实验室 中国科学院重点实验室 资料来源： 野外台站及观测基地 院所名称中国科学院昆明动物研究所 无量山黑冠长臂猿监测站 昭通大山包野生动物野外观测站 中国科学院西双版纳热带植物园 中国科学院西双版纳热带雨林生态系统研究站 中国科学院哀牢山森林生态系统研究站 西双版纳热带植物园元江干热河谷生态站 中国科学院云南天文台 丽江高美古观测研究基地 抚仙湖太阳观测研究基地 资料来源： 获奖概况 中国科学院西双版纳热带植物园：截至2015年9月，中国科学院西双版纳热带植物园取得国家级、省部级成果奖励100余项。
中国科学院地球化学研究所：截至2014年3月，地球化学研究所1978年以来，获省、部级以上科技成果奖284项，其中国家自然科学奖、科技进步奖和发明奖51项（特等奖和一等奖5项），中国科学院科技成果奖138项，省部级科技成果奖95项。
中国科学院昆明动物研究所：根据2016年1月研究所官网显示，2014年，昆明动物研究所获国家自然二等奖1项，云南省自然科学二等奖1项，获省科技进步奖三等奖1项。
中国科学院云南天文台：截至2015年11月，云南天文台科研成果获省部级及以上科技成果奖18项，其中国家自然科学奖二等奖1项，云南省特殊贡献奖（云南省最高科技奖励）1项、月球探测工程特殊贡献奖1项。
中国科学院昆明植物研究所：根据2016年1月研究所官网显示，2010-2014年，昆明植物所获得省部级及以上各类科技奖励23项，先后获云南省自然科学特等奖2项，云南省自然科学一等奖2项，云南省科技进步一等奖2项。 国家级获奖 获奖名称类别时间院所中国苔藓植物研究 国家自然科学奖 2008 中国科学院昆明植物研究所 --- 国家最高科学技术奖 2007 卫星动力测地 国家科技进步奖 1987 中国科学院云南天文台 --- 国家科学技术进步奖二等奖 2010 中国科学院西双版纳热带植物园 年轻新基因起源和遗传进化的机制研究 国家自然科学奖 2012 中国科学院昆明动物研究所 中国经济昆虫志 国家自然科学奖 2001 云南不同民族基因组的保存 国家科技进步奖 1999 湖泊底泥污染控制技术理论与应用 国家科技进步奖二等奖 2013 中国科学院地球化学研究所 分散元素矿床和低温矿床成矿作用 国家自然科学奖 2005 我国金矿成矿模式、找矿方向及选矿技术方法研究 国家科学技术进步奖二等奖 1997 中国矿床 国家科学技术进步奖二等奖 2005 分散元素矿床和低温矿床成矿作用 国家自然科学奖二等奖 1995 西南地区资源开发与战略研究 国家科学技术进步奖二等奖 1995 静态超高压大腔体实验技术 国家科学技术进步奖二等奖 1991 黄土与环境 国家自然科学奖二等奖 1991 新疆资源开发与布局 国家科学技术进步奖二等奖 1991 中华人民共和国地方病与环境图集 国家科学技术进步奖二等奖 1989 白云鄂博铌-稀土-铁矿床的矿物学与地球化学综合研究 国家自然科学奖二等奖 1989 中国糖炭标准的建立 国家科学技术进步奖三等奖 1997 中国层控矿床地球化学 国家自然科学奖一等奖 1987 青藏高原隆起及其对自然环境与人类活动影响的综合研究 国家自然科学奖一等奖 1987 吉林陨石综合研究 国家自然科学奖三等奖 1987 长江中下游铜、硫、金、银资源重大发现与个旧--大厂锡矿成矿条件、找矿方法及远景 国家科学技术进步奖特等奖 1987 中国煤成气的开发研究 国家科学技术进步奖一等奖 1987 准噶尔盆地形成、演化及油气形成 国家科学技术进步奖二等奖 1987 耐高温隔热涂层 国家技术发明奖三等奖 1987 在复杂地质、险峻山区修建成昆铁路新技术 国家科学技术进步奖特等奖 1985 找油找气有机地球化学新指标、新方法及其应用 国家科学技术进步奖二等奖 1985 白云鄂博及其外围地区铁铌稀土多金属矿床成因、物质成分及找矿远景研究 国家科学技术进步奖二等奖 1985 人发与肿瘤关系的电子自旋共振研究及其临床医学意义 省部科学技术进步奖二等奖 1991 资料来源： 项目承担 中国科学院西双版纳热带植物园：截至2015年9月，中国科学院西双版纳热带植物园共承担科研项目900余项。
中国科学院昆明动物研究所：截至2015年5月，2014年，昆明动物所共有在研项目455项。其中，主持国家重点基础研究发展计划（973）项目2项、主持课题11项，国家高技术研究发展计划（863）课题1项，国家科技基础性工作专项3项；参与国家重大科技专项课题9项，主持国家自然科学基金创新群体1项，重大项目1项，重点项目5项，国家杰出青年科学基金项目4项，国家优秀青年科学基金项目3项，面上项目65项，青年项目37项。
中国科学院昆明植物研究所：2010-2014年，昆明植物所主持国家重大科学研究计划1项，国家科技支撑计划1项，科技基础性工作专项2项，重大新药创制专项1项，国家杰出青年科学基金2项，国家自然科学基金重点项目（含联合基金）17项。 论文发表 中国科学院西双版纳热带植物园：截至2015年9月，中国科学院西双版纳热带植物园发表学术论文3000余篇，申请专利90余项，授权专利50余项，主编出版专著近40部。
中国科学院地球化学研究所：截至2014年3月，地球化学研究所出版专著180余部。
中国科学院云南天文台：截至2015年7月，云南天文台以面向天文学科前沿为导向，在Nature、Science、APJ、MNRAS、A&A、AJ、SPIE等各类SCI和EI刊物发表原创性学术论文1000篇，2014年发表sci论文682篇。其中大样本恒星演化理论研究成果写入Springer等出版社出版的33本教科书和专著。
中国科学院昆明动物研究所：根据2016年1月研究所官网显示，2014年，昆明动物所发表论文319篇，其中SCI论文246篇，影响因子大于9的24篇，影响因子5至9的37篇。申请专利21项，获授权24项；出版专著2部。
中国科学院昆明植物研究所：根据2016年1月研究所官网显示，2010-2014年，昆明植物所发表SCI论文1769篇，其中发表在领域前15%期刊论文523篇；授权各类专利119件。 学科概况 截止2015年12月，昆明分院有24个硕士点，18个博士点，7个博士后流动站。
一级学科博士后流动站：生物学（西双版纳热带植物园） 、天文学 、生物学（昆明动物研究所） 、生物学（昆明植物研究所） 、地质学
二级学科博士后流动站：地球化学、矿物学岩石学矿床学 一级学科博士研究生培养点学科院所植物学 中国科学院昆明植物研究所 生物化学与分子生物学 药物化学 药理学 动物学 中国科学院昆明动物研究所 遗传学 细胞生物学 神经生物学 植物学 中国科学院西双版纳热带植物园 生态学 矿物学岩石学矿床学 中国科学院地球化学研究所 地球化学 环境科学 环境工程 光学工程 中国科学院云南天文台 天体物理 天体测量与天体力学 天文技术与方法 资料来源： 一级学科硕士研究生培养点学科类别院所植物学学术型硕士学位点 中国科学院昆明植物研究所 生物化学与分子生物学 药物化学 药理学 制药工程 专业型硕士学位点 生物工程 药学 动物学 --- 中国科学院昆明动物研究所 遗传学 --- 细胞生物学 --- 神经生物学 --- 生物化学与分子生物学 --- 生物工程 --- 植物学 --- 中国科学院西双版纳热带植物园 生态学 --- 生物工程 --- 地质学（含矿物学岩石学矿床学、地球化学） 学术型硕士学位点 中国科学院地球化学研究所 环境科学与工程（含环境科学、环境工程） 地质工程 专业型硕士学位点 环境工程 光学工程 专业型硕士学位点 中国科学院云南天文台 天体物理 学术型硕士学位点 天体测量与天体力学 天文技术与方法 资料来源： 学科方向 在生命科学与生物技术方面，以保护生物学、资源生物学和进化生物学三大学科领域为重点，形成生物区系的形成与演化、重要生物类群的起源和进化、生物多样性与保护生物学、重要资源生物可持续利用、原创性天然药物的研究5个重点优势学科。
在资源环境科学与技术研究方面，形成矿床地球化学、环境地球化学、地球深部物质研究和地质流体作用地球化学等优势学科。
在天文科学研究方面，开展天体物理、太阳物理、应用天文学等方面的研究，形成了大样本恒星演化及星族合成、恒星结构演化和恒星振动、活动星系和星系物理、太阳活动区物理及太阳活动预报、人造天体精密定位与形态识别、天文新技术方法等优势学科。 历任院长 历任院长（1978年恢复建制以来）任职时间刘希玲 1978年10月-1980年12月 吴征镒 1980年12月-1984年09月 张敖罗 1984年09月-1993年09月 张柏荣 1993年09月-1997年07月 张壮鑫 1997年07月-2009年09月 王庆礼 2009年09月-2014年05月 资料来源： 历任党组书记 历任党组书记（1978年恢复建制以来）任职时间张敖罗 1984年09月-1986年03月 王义明 1986年03月-1993年09月 张家和 1995年03月-2001年08月 张壮鑫 2001年08月-2005年09月 彭玉水 2005年09月-2006年07月 李磊 2006年07月-2012年03月 孙航 2012年03月-2014年05月 资料来源：
