区别：
1、概念不同。
元神：泛指通过修行人修炼而逐渐形成掌握的可以控制魂魄的物质，它也是人类生命的真正意义与一切精华。
灵魂：指的是我们今天说的意识、精神、心理活动，那是大脑生理活动的结果，人一死，所谓的灵魂也就跟着消失。
2、宗教上的不同。
道教与元神关联，人们相信元神永恒真存，魂魄主宰人的意识，觉魂主宰人的善恶，生魂主宰人的寿命。人若死后掌管七魄的生魂会消亡，元神也就幻灭了，因此也就有了“形神俱灭”之说。
基督教与灵魂关联，人们相信是有灵魂存在的。人们将灵魂分作“灵”和“魂”两部份。“魂”是血肉的，所有生物都有的；“灵”（智慧或理性等人类的独特表现）则是来自上天的，只有人类才拥有。
3、本质不同。
元神：它是外丹的精华，元神不出，外丹无根。过去对于外丹的误解已使很多修真之士迷于歧途，寻草烧茅，避世修真。
实际上历代的修道至圣都是身居闹市而成就大功德的。至于说到外丹为何物，《玉真通解》一文中有谈到。
灵魂：它只是大脑的一种综合功能。灵魂（意识）是存在的，但只存在于有生命的活体中，主要是大脑。
人们认定的一定是当生命停止后灵魂也消失了，因为神经的活动和新陈代谢如同其他组织器官的活动一样也都停止了。
参考资料：
参考资料：