生化妊娠是指精卵已经结合了，但是没有游到子宫腔内着床，或者是游回来了没有成功着床，称为“隐性流产”。一般在妊娠5周内的流产，血中可以检测到HCG升高超出正常值或者尿妊娠试验阳性，但超声检查看不到孕囊，也被称为“亚临床流产”。患者通常无其他症状，就像来了例假样，所以经常被忽视。
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如果胎儿发育异常会自然流产，其中大多数是染色体异常，有数据显示，早孕期流产或胎停的病例，有50-60%是染色体异常。专家建议，如果发现褐色分泌物，应该在除外宫颈等生殖器发育异常或病变后，顺其自然，不要随意保胎，否则到后期，还是会出现更大的问题。
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最常见的宫颈糜烂，如果有性生活（很多人并不知道怀孕）后次日出现褐色分泌物，应该考虑是宫颈糜烂。其次宫颈息肉，也会导致出血，而且会持续不断，更应该注意的是蜕膜息肉，是妊娠后特有的息肉而且比宫颈息肉更容易出血并持续长时间出血直至孕中期，这种息肉不能手术切除，否则会导致流产或出血不止。所以，早孕期褐色分泌物，先去妇产科看看宫颈。
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双子宫或残角子宫等畸形患者妊娠后，异常的子宫内膜会随着增厚而出现少量出血，所以，早孕期怀孕出血，超声检查必不可少。