春秋战国时期，此地先后属吴、越。
秦时建东阳县，属东海郡。
汉为东阳、平安、射阳三县地，先后属临淮、广陵郡。
隋初，境内统一为安宜县。
唐肃宗上元三年农历四月十六日（公元762年5月14日）因真如献宝，肃宗传旨：上元三年改为宝应元年，安宜县更名为宝应县，沿用至今。
南宋期间，先后升为宝应州、宝应军，领宝应、盐城、山阳、淮阴等县。
明隶高邮州。
清属扬州府。
民国期间先后属淮扬道、淮阴行政督察区。
县境解放时，属苏皖边区第二行政区。
中华人民共和国建立初，先后属苏北行政公署扬州、泰州专区。
1953年1月宝应隶属江苏省扬州专区。
1960年初，析宝应湖以西置金湖县。
1983年3月，隶属扬州市。
年号命名