主要区别有，科目分类不同、果实特征不同、生长环境不同、产地分布不同，具体如下：
一、科目分类不同
1、枳
属芸香目、芸香科、枳属、枳种植物。
2、柑橘
果树的一类，指柑、橘、柚、橙等。属芸香科、柑橘属、柑橘种。
二、果实特征不同
1、枳
果近圆球形或梨形，大小差异较大，果顶微凹，有环圈，果皮暗黄色，粗糙，果心充实，果肉含粘腋，微有香橼气味，甚酸且苦，带涩味，有种子，阔卵形，有粘液。
2、柑橘
果通常扁圆形至近圆球形，果皮甚薄而光滑，或厚而粗糙，淡黄色，朱红色或深红色，甚易或稍易剥离，橘络甚多或较少，呈网状，易分离，通常柔嫩，中心柱大而常空，稀充实，瓢囊7-14瓣，稀较多，囊壁薄或略厚，柔嫩或颇韧，汁胞通常纺锤形，短而膨大，稀细长，果肉酸或甜，或有苦味，或另有特异气味，种子或多或少数，稀无籽，通常卵形，顶部狭尖，基部浑圆。
三、生长环境不同
1、枳
枳性喜光、温暖环境，适生光照充足处。也较耐寒，但幼苗需采取防寒措施，喜湿润环境，怕积水，喜微酸性土壤，中性土壤也可生长良好。
2、柑橘
性喜温暖湿润气候，耐寒性较柚、酸橙、甜橙稍强。柑橘对土壤的适应范围较广，紫色土、红黄壤、沙滩和海涂，pH值4.5～8均可生长。
四、产地分布不同
1、枳
分布于中国山东、河南、山西、陕西、甘肃、安徽、江苏、浙江、湖北、湖南、江西、广东、广西、贵州和云南等省区。
2、柑橘
中国是柑橘的重要原产地之一，全国生产柑橘包括台湾省在内有19个省（市、自治区）。其中主产柑橘的有浙江、福建、湖南、四川、广西、湖北、广东、江西、重庆和台湾等10个省（市、区），其次是上海、贵州、云南、江苏等省（市），陕西、河南、海南、安徽和甘肃等省也有种植。全国种植柑橘的县（市、区）有985个。世界柑橘主要分布在北纬35°以南的区域，性喜温暖湿润，有大水体增温的地域可向北推进到北纬45°。
参考资料来源：百度百科-枳
参考资料来源：百度百科-柑橘