昌吉市人民医院的前身为昌吉县卫生院。
1952年10月1日,根据迪化专署1764号文,正式成立昌吉县人民卫生院。
1953年5月,根据新疆省人民政府卫生处医字第0822号函规定,编制为6人,李万生任院长。
1954年1月15日迪化专署民人字3号通知由康辅忱任院长,上级拨款修建了门诊部,面积为377.56平方米,编制增至25人。
1955年昌吉回族自治州成立,将昌吉县人民卫生院改为昌吉州人民卫生院,增加病床20张。
1956年4月，与昌吉州医院分开，分院后工作人员13人。
1958年实有编制为34人，由牛锦玉任院长。
1960年，根据1959年2月自治区卫生厅行政会议精神，县医院与昌吉州妇幼保健站合并，改组为昌吉县医院，设4个股，编制45人，牛锦玉任院长。
1968年驻昌吉卫生系统毛泽东思想宣传队到县医院期间，刘芳金任主任，徐淑花任副主任，杨友娥、杜秀英、杨泰金为革委会委员。
1971年由王德明任主任。
1973年牛锦玉同志历史问题经县委1973年2月23日研究意见，历史问题维持社教结论，现解放予以恢复组织生活，并担任革委会副主任。
1976年11月7日昌吉县革委会研究决定，郭兰生同志任县医院党支部书记。
1977年3月14日县委组织部任命张佛元任门诊部副主任，杨友娥任住院部副主任。
1979年刘立超任昌吉县人民医院副院长兼党支部书记，王秉乾任副院长，全院职工81人，设党支部、团支部各一个，同时起用新公章，“新疆昌吉县人民医院革委会”印章作废，撤消县医院“五七制药厂”，并宣布“县医院药厂”公章作废。
1981年，新调张合部、常俭书为副院长，历时三年建成一幢三层病房楼，面积3300平方米。
1984年，按市人民政府通知，朱振华任医院院长，原领导班子职务免除，病房楼竣工，设置病床101张，职工人数达94人，因我市进行体制改革，昌吉县人民医院改称昌吉市人民医院。
1989年全院人员编制数182名，领导职数2-3人。
1990年根据市委、市政府决定更换领导班子，陈占光任党支部书记，董晓红任副书记，王书山、李列英、刘保军任副院长，实行党支部领导下院长分工责任制，综合目标管理，定编为182人，当年增加编制10人，正式职工176人，临时工9人，退休人员17人，党员31人，团员15人，固定资产179万元，床位编制130张，设大小科室18个。
1993年领导班子换届，刘保军任院长，董晓红任书记，李列英、王书山任副院长，实行院长负责制、聘任制，编制192人，定编床位130张，固定资产390万元，年收入310万元。
1994年6月14日成立党总支，下设三个支部，董晓红任总支书记，刘保军任副书记、院长。在职党员33名，王书山副院长调走，鲁继东任副院长。
1996年全院在编人数192人，当年大中专学生分配追加编制4名，编制总数增至196名，国家二级甲等医院，年收入500余万元。
根据昌市政干字（1996）8号文任命鲁继东、张建文为副院长，总工会批复昌市总工字（1996）12号文王利明为工会主席，姜作宜兼付主席。昌市党任（1996）50号文董玉玲同志任昌吉市人民医院党总支副书记。
1997年大中专学生分配，追加编制4名，编制总数达200名。
2000年，刘保军院长调走，七月三日根据昌吉市人民政府昌市政干字（2000）2号文件，鲁继东提任昌吉市人民医院院长。同年昌吉市委昌市党任（2000）40号文件，任命刘家君同志为昌吉市人民医院党总支书记。
昌吉市总工会批复王利明同志任昌吉市人民医院工会主席，曾秀凤同志为副主席，领导职数4人，编制总数200名，专业技术人员170人，床位编制130张，固定资产总值1331万元。年业务收入1257万元。临床科室16个，医技科室4个，职能科7个。
2002年昌市政干字（2002）14号文任命鲁继东为院长。昌市政干字（2002）24号文任命申志扬为业务副院长。
昌市党任（2002）46号文董玉玲同志享受正科级待遇。
昌市卫字（2002）65号文聘任李秀梅为庙尔沟乡卫生院院长。
人员编制205名，卫技人员工168人，行管工勤人员37人。
实有职工人数301人，领导职数5人，床位编制130张，开放床位260张。
2002年12月申志扬被公选为昌吉市人民医院副院长，同时聘任陈欲晓为内科主任，高永俊为麻醉科主任。曾秀凤为党办主任。
2003年工会主席董玉玲，副主席熊健。
昌市总工字（2003）第10号《关于昌吉市人民医院第六届工会委员会组成人员的报告》批复，同意董玉玲同志任工会主席。
2003年经市人民医院通过，报市组织部、人事局批复聘任郭丽莉同志为昌吉市人民医院行政副院长，医院聘任马振华为内科护士长，田新华为总护士长。
职工在编人数205人，实有人数250余人，专业技术人员198人，副高17人，中级89人，年收入1600余万元。
2004年昌市政干字（2004）28号文聘任申志扬同志为市人民医院副院长，聘期三年。本院完成了部分中层干部的竞聘工作，傅振英任内一科主任，杨东明任内二科主任，刘学健任护士长，杨燕任外一科护士长。
2004年职工人员编制205名，实有人数281名，卫技人员251人，行管后勤人员41人，副高21人，中级职称75人，初级146人，医院占地面积24552.24平方米，建筑面积16300平方米，开放床位260张，临床科室19个，职能科室7个，医技科室7个，万元以上设备60多台，固定资产值达3800万元。
2005年经市局党委审核通过，批准聘任熊健同志任昌吉市人民医院内二科主任。
2006年增编2名，增编后昌吉市人民医院差额拨款事业编制数为207名，其中领导职数5名。
为加快学科建设与发展，满足病人对医疗服务的需求，2007年医院新增外三科、外四科、内四科及感染科，妇产科分为妇科、产科。积极发展内镜与微创诊疗技术，心脑血管病介入治疗，加快糖尿病、肿瘤、肾病、泌尿、传染病、医学美容、整形、心理咨询门诊等专科建设。
2007年9月，建立新一届领导班子。院领导班子团结带领全院干部职工，开拓创新，锐意进取，2008年年底，在国家《新医改方案》还未出台之前，院领导班子未雨绸缪，置身于医院的新定位、新机遇，从发展大局出发，以开阔的眼界、开阔的思路，大胆地提出“抢抓千载难逢的机遇，促进医院科学、协调、可持续的发展；开启第二次创业的步伐，推进医院规范化、精细化、专业化管理”的核心和主题，并付诸于行动。电子病历的实施，检验LIS系统和放射局域pacs系统的运行，使医院信息化管理得到了进一步发展。形成了科学、高效、权责利统一、高速运转的管理体制，实现了各项业务指标的稳步增长。引领医院实现医院社会效益和经济效益的同步跨越。尤其是医疗技术方面有了质的飞跃。医院10个重点学科，6个特色专科，能开展心脏、肿瘤介入诊疗及除心脏手术以外的常见病、多发病的诊疗和具有一定难度的手术，在腹腔镜微创外科、泌尿外科、骨科颅脑手术等方面走在了全州县市级医院的前列，引进的腹腔镜、关节镜、宫腔镜、前列腺等离子电切镜，开创了医院微创外科良好的发展前景。肾透析血液净化业务的开展，解决了慢性肾病人看病难的问题。2009年8月，医院被卫生厅确定为心血管疾病介入诊疗技术临床应用准入医疗机构，心血管内科借助大型C型臂X光机开展了冠状造影、肾动脉造影、冠脉支架置入、永久及临时起博器置入等诊治技术，开通了急性心肌梗死介入治疗的绿色通道。《大隐静脉激光腔内闭合术治疗下肢静脉曲张》科技项目获得昌吉州科技进步三等奖。
2009年，医院获批建设十二层22289.58m2泉昌楼（综合病房楼），该项目列入昌吉市2009年重大建设项目及昌吉州暨乌昌财政重点扶持项目。该项目自2009年9月份动工建设，2010年9月完成主体工程。该项目的建成将床位数增至600张。
