环境工程考研方向主要有水污染控制理论与技术、环境生物技术与工程、环境规划与管理、环境化学与环境监测、环境经济学与政策、固废处理与资源化。
其中水污染控制理论与技术方向主要研究污水处理新工艺、新技术、新设备的研究与开发，难降解有机污染物的处理与资源化，重金属污染处理与资源化，复合污染控制理论与技术，中水回用技术等。
环境生物技术与工程方向主要研究污染生物降解机制与资源化，环境微生物生态学，污染生物处理新工艺、新技术研究与开发，微生物多样性研究与利用，微生物发酵废物处理与资源化，生物质能源的开发与利用。
环境规划与管理方向主要研究区域环境保护与可持续发展，区域生态环境评价与生态建设，环境管理与环境法，环境信息系统等。