根据上述职责，市卫生局设20个内设机构。
(一)办公室(信访办)。
负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、议案、建议、提案、保密、政府信息公开等工作；承担重要事项的组织和督察工作。
(二)政策研究室。
承担本市医药卫生改革与发展重大问题的调查研究，并提出相关政策建议；参与拟订卫生事业发展规划和中长期发展计划；承担医药卫生方面重要文稿的起草工作；组织有关地方志、年鉴的编纂工作。
(三)法制监督处。
负责机关推进依法行政综合工作；起草卫生方面的地方性法规草案、政府规章草案；承担行政复议和应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作；组织开展本市消费环节食品安全监督管理和卫生执法监督工作；组织开展整顿和规范医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
(四)卫生应急办公室(突发公共卫生事件应急指挥中心)。
拟订本市突发公共卫生事件应急预案及相关专项应急预案，组织指导有关应急预案的日常演练和相关知识、技能的培训工作；指导突发公共卫生事件的预防准备、监测预警、处置救援、风险分析评估等卫生应急工作；建立、完善卫生应急信息系统；组织协调重大自然灾害、恐怖事件、中毒事件及核辐射事故等的紧急医疗救援工作；组织协调重大活动的卫生应急保障工作；承担北京市突发公共卫生事件应急指挥部办公室工作。
(五)疾病控制处。
拟订全市重大传染病、地方病、常见病、慢性非传染性疾病预防控制规划和措施；指导重大疾病防控体系建设；组织指导全市免疫规划的实施和疫苗接种异常反应事件的调查处置；组织对重大传染病、地方病的综合防治、监测和疫情报告，对重大突发疫情实施紧急处置；拟订公共卫生问题的干预措施并组织实施；拟订全市健康促进工作规划和计划并组织实施。
(六)医政处(医疗服务监管处)。
拟订本市医疗机构设置规划；负责医疗机构(含血站、急救站)的资格审批；负责执行医疗技术应用准入制度和从业人员资格认定及注册工作；拟订医疗、护理的技术质量和服务质量以及医疗机构管理的有关政策、规范和标准，并组织实施；拟订血液安全管理规范并组织实施，推动无偿献血工作；指导医院感染控制体系、医疗急救体系建设；承担医疗机构医疗服务的监管工作，建立医疗机构医疗质量评价和监督体系，组织开展医疗质量、安全、服务评价和财务监督等工作；
监督管理公立医院，推进公立医院管理体制改革工作。
(七)基层卫生处。
负责本市城乡基层卫生工作和新型农村合作医疗的综合管理，拟订基层卫生工作的发展规划、政策措施、规范标准并组织实施；指导基层卫生服务体系建设和乡村医生相关管理工作；负责老年卫生、基层医疗康复的管理工作；参与基层卫生人才队伍建设和实用技术普及推广工作。
(八)妇幼与精神卫生处。
拟订本市妇幼卫生、精神卫生工作的发展规划、政策措施、规范标准并组织实施；依法对妇幼保健、计划生育技术、精神卫生工作机构与人员进行监督管理；指导妇幼保健、精神卫生体系的建设，承担预防和减少出生缺陷的组织协调工作；承担对重大事故群体心理危机干预的组织协调工作。
(九)科教处。
拟订本市医学科技发展规划；负责全市医疗卫生重点学科的评估与管理；组织管理医学科研基金项目；负责医疗卫生科技成果的推荐与推广工作；承担医药卫生试验室生物安全的监督管理工作；组织开展卫生科普宣传工作；承担医疗卫生专业技术人员的毕业后教育、继续教育与相关培训工作。
(十)药械处。
负责医疗机构药事管理工作；对医疗机构大型医用设备、制剂、药品进行监督管理；组织处理医疗机构内药品、医疗器械突发不良事件；组织实施国家基本药物制度和药品集中采购工作，拟订北京地区药品推荐使用目录。
(十一)发展计划处。
负责编制本市医药卫生事业发展规划、中长期发展计划和区域卫生规划；拟订医疗卫生单位建设标准；编制所属单位基本建设年度计划并指导实施；监督管理医疗废物处置；指导区县卫生基本建设项目工作。
(十二)国际合作处。
负责组织指导医药卫生方面的政府、民间多边、双边合作交流；组织实施卫生援外工作；组织国际医学交流、国际医学会议与国际科技合作；负责世界卫生组织北京合作机构的协调管理工作；承担本系统的外事管理工作。
(十三)审计处。
拟订本系统内部审计制度，并对系统预决算、财务收支进行审计监督；负责对所属单位资产的保值增值、运营状况进行评价；负责对所属单位经济活动进行专项和后续审计；负责对所属单位领导干部进行经济责任审计；指导区县卫生行政管理部门、所属单位开展内部审计工作。
(十四)北京市爱国卫生运动委员会办公室。
拟订本市爱国卫生工作措施并组织实施；统筹协调有关部门开展爱国卫生工作；组织开展国家卫生城市、健康城区、健康社区创建和社会卫生整体评价等健康促进活动；组织开展农村改水、改厕和卫生村镇创建及农民健康教育工作；依法负责公共场所禁烟监督检查和全市除“四害”的组织与监督工作。
(十五)安全保卫处。
负责监督、指导机关及所属单位开展安全、治安、防火、防盗工作；负责对易燃易爆物品的监督管理工作；负责组织开展安全宣传教育工作；组织协调机关及医疗卫生单位安全生产工作；负责所属医疗卫生单位后勤改革及管理工作。
(十六)组织处。
负责本市医药卫生系统人才工作的宏观管理，组织协调并落实本系统高层次人才队伍建设工作；负责所属单位的党建工作；按照干部管理权限负责本系统领导班子建设和干部管理；组织本系统政工职称评定工作。
(十七)宣传处。
负责本系统宣传工作；协调组织开展首都卫生系统精神文明建设活动；组织实施本系统中心组理论学习和干部理论培训。
(十八)统战处。
组织、指导、管理本系统的统战工作，组织有关学习、宣传、交流等活动。
(十九)财务处。
编报部门预决算和管理资金的使用；负责机关及所属单位财务、国有资产的管理工作；参与拟订建立健全本市卫生事业经费保障机制的相关政策；负责医药卫生行业医疗服务收费、行政事业性收费和药品、血液及制剂收费的监督管理工作；参与拟订医疗服务价格。
(二十)人事处。
承担机关及所属单位的人事、机构编制及公务员队伍建设等工作；负责组织本市卫生系列中高级专业技术资格(任职资格)评审工作；负责组织中、初级卫生专业技术资格考试工作及卫生从业人员准入资格的认定工作。机关党委 负责机关的党群工作。
工会(团委) 负责机关及所属单位的工会、共青团和青年工作。
离退休干部处
负责机关及所属单位离退休干部的管理与服务工作。
北京市保健委员会办公室
负责研究起草本市干部保健工作规划和有关政策并监督实施；
负责北京市保健委员会确定的保健对象、医疗关系在北京市的中央单位保健对象的医疗保健工作；
负责本市重大活动和会议的干部保健工作；负责协调保健基地、专家队伍、专业人员和保健管理人才队伍建设工作。纪检、监察机构按有关规定派驻。
