夏商时期，今花桥境域属扬州。
春秋时期，属吴国娄邑。
周元王三年（公元前473年）越灭吴，境域属越国。战国中期，楚威王（公元前339～前329年）灭越，为楚地。
秦代，属会稽郡娄县。
西汉高祖六年（公元前201年），属荆国娄县。高祖十一年，荆国除，娄县属会稽郡。高祖十二年（公元前195年），立吴国治荆国旧地，娄县属之。景帝四年（公元前153年）吴国废，立江都国治吴国旧地，娄县属江都国。元狩二年（公元前121年），江都国废，娄县属会稽郡。
新莽始建国年间（公元9—13年），娄县更名娄治，属会稽郡。东汉建武十一年（35年），复名娄县，仍属会稽郡。永建四年（129年），分会稽郡置吴郡，娄县属吴郡。
南朝梁天监六年（507年），分娄县置信义县，属信义郡。大同初年（535—536年），分信义县置昆山县，今花桥境域始属昆山县。
隋开皇九年（589年），撤昆山县；开皇十八年（598年），复置昆山县，属苏州。
南宋淳祐十二年（1252年），昆山县划为九乡二十四保，今花桥境域属永安乡。
清雍正二年（1724年），分昆山县置新阳县，两县同城分治，今花桥境域仍属昆山县永安乡。清代中期，黄渡某营盘兵丁来此张贴告示，此地尚未命名，兵丁遂在今三角街市河段一座跨越南北的木桥处询问百姓，得知木桥周围群众大都姓花，故名花家桥。宣统元年（1909年），推行地方自治，今花桥镇境域分属安亭乡、菉葭浜乡和蓬阆乡。
民国元年（1912年）昆山县、新阳县合并为昆山县，今花桥境域属昆山县。
民国十八年（1929年），江苏省调整县以下行政区划，昆山县划分为10个区，329个乡、39个镇。原安亭乡、菉葭浜乡合并为第三区，辖5镇37乡，其中今花桥镇境域大体包含花家桥镇、安亭镇、徐公桥镇、天福庵镇、逢善乡、金城乡等乡镇。
民国二十三年（1934年）6月，昆山县调整划分为8个区，41个乡、24个镇。第三区亦称自治实验区，辖花家桥镇、菉葭浜镇、天福庵镇、安亭镇、徐公桥乡、金城乡等4镇4乡。
民国三十一年（1942年），昆山县调整划分为11个区、72个乡镇，其中花桥镇、金城乡划为第七区，天福庵镇属第五区，徐公桥乡属第九区。
民国三十四年（1945年）9月，昆山县改划为8个区、64个乡镇，原第七区和第九区合并为新的第三区，辖花家桥镇、天福庵镇、菉葭浜镇、安亭镇、徐公桥乡、金城乡等4镇4乡。同年12月，第三区改称菉葭区。
民国三十六年（1947年）12月，昆山县改划为1个区，26个乡、1个镇。其中在今花桥镇范围内，原花家桥镇、金城乡合并成立花溪乡，原天福庵镇、安亭镇、泗桥乡、徐公桥合并成立安亭乡。
民国三十八年（1949年）1月，县下设督导区，花溪乡、安亭乡隶属县第三督导区。5月，花溪、安亭解放。7月，区、乡建立人民政权，其中花溪乡、安亭乡属蓬阆区。11月，蓬阆区划出菉葭、花溪、安亭3个乡，新建菉葭区，辖菉葭、花溪、安亭3个乡，今花桥镇境域分属花溪乡、安亭乡。
1950年1月，划设小乡镇，花溪乡、安亭乡划为金城乡、花溪乡、鸡鸣乡、天福乡、公桥乡、新安乡6个乡，属菉葭区。
1956年3月，菉葭区、蓬阆区合并为菉葭区，辖花溪乡、公桥乡等8个乡镇；8—12月撤区并乡，撤销菉葭区，原花溪乡、公桥乡合并设立花桥乡。
1958年，撤销花桥乡，成立花桥人民公社，实行政社合一。
1983年6月，政社分设，花桥人民公社改为花桥乡。
1986年12月，撤销花桥乡，设立花桥镇，以原花桥乡行政区域为花桥镇行政区域。
1989年9月，撤销昆山县，设立县级昆山市，花桥镇属昆山市。
2003年12月，撤销花桥镇、蓬朗镇，合并设立新的花桥镇，以原花桥镇、蓬朗镇的行政区域为新花桥镇的行政区域，镇人民政府驻花桥集镇；原蓬朗镇行政区域内的各项工作委托昆山经济开发区管理。
2006年8月，成立省级花桥经济开发区；9月，实行“区镇合一”体制。
