重庆市中药研究院系中药专业研究机构。主要承担国家、部及市级中药科研的重点和攻关项目，进行中药的研究与开发，开展中药学的基础理论研究、交流与合作，培养中药学科人才，推进中药科学技术进步。
经过近80年的积累、奋斗和近年的体制改革，研究院已成为国内同行业中的知名科研机构，迄今已取得“冬虫夏草人工培殖研究”、“火把花根片治疗肾炎研究”、“人参茎叶皂甙提取新工艺研究”、“复脉定冲剂治疗心律失常研究”、“阿糖腺苷生物合成研究”、“靛玉红半合成研究”及“四川中草药资源普查”等重大科技成果300多项；开发了“肝康灵”、“火把花根片”、“白血宁”和“金泽冠心胶囊”“复脉定胶囊”等新药40多个，并与企业联合开发了“天府可乐”、“亚洲威士忌”及“黄连药香皂”等四十多项受市场欢迎的产品；参与了地奥新血康、洁尔阴、雄狮丸、速效枣仁安神胶囊、参附冻干粉针等新药的开发；主持和参加编写了《四川中药志》、《中国原色本草图鉴》、《中国本草图录》、《中国药用动物志》、《中药粉末显微鉴别》、《羌族医药》、《中华本草》等专著30余部。
重庆市直辖10年来，研究院先后承担了科技部、国家自然科学基金、国家发改委、国家中医药管理局等科技项目近30项，重庆市科技项目80多项，接受企业委托项目100余项，国际合作项目10多项。
1、中药生药研究所
设立有中药资源调查与动态监测、中药资源保护与可持续利用、中药资源评价与开发利用、民族药资源研究4个研究方向，为国家中医药管理局生药学重点学科和国家濒危药材繁育重点工程实验室。
2、中药种植研究所
主要从事中药良种选育及配套栽规范化培技术，药材生产适宜区划，中药种子种苗鉴定、评价及繁育技术、中药种质资源鉴定、评价及利用、以及中药材种植技术的培训、推广等工作。设有中药栽培及生理研究、中药新品种选育研究、中药种子种苗研究、药材生物技术研究等重点研究方向。
3、冬虫夏草研究所（康定中藏药业科技有限公司）
该所主要从事高原珍稀濒危中藏药材的研究、基地建设、产品研制、生产和经营。重点进行冬虫夏草人工培殖及产业化技术研究，相关产品研发，为高原珍稀濒危中藏药材繁育提供关键技术研究，成果孵化，产品研制，生产模式建立和成果推广的平台。
4、中药化学研究所
系国家中医药管理局三级重点实验室。主要从事中药化学、标准品及质量标准、新药与健康相关产品研发、天然活性产物发现与结构修饰等研究。主要研究方向：中药有效成分及其标准品的研究；中药物质基础的研究； 民间及民族药与天然活性产物的筛选及结构修饰研究；新药开发研究(主要包括血管药物、抗肿瘤药物、中药急救药物、抗肝炎药物、老年病药物、抗过敏药物、免疫抑制剂、降血脂药物等)；中药质量评价及质量标准规范化研究；中药与天然产物的应用研究；健康相关产品开发研究。
5、中药制剂研究所
主要开展炮制理论研究，中药新制剂、新剂型、新技术及中药制剂关键共性技术研究，中药制剂生物药剂学和药代动力学研究等3个主要研究方向，以中药新药（有效成分、有效部位、复方）研发及中成药的二次开发、中药新剂型（缓释、靶向、透皮等）、中药制剂新技术（乳化技术、微囊化技术、包合技术等）及中药制剂关键共性问题为研究重点，同时为企业提供技术咨询和服务。
6、中药药理毒理研究所（重庆市药物安全评价中心）
系国家中医药管理局三级重点实验室和重庆市药物安全评价中心（GLP）。主要以心血管、内分泌和代谢性疾病等领域的主要药效学研究和中药有效部位筛选为方向、以中药新药安全性评价和药物基础毒理研究为重点，同时为制药以及健康产品相关行业在中药、天然药物、生物制剂开发中提供有关药理和毒理的技术咨询服务。重庆市药物安全评价中心目前可提供啮齿类、非啮齿类的单次和多次给药毒性试验、生殖毒性试验、安全性药理试验、局部毒性试验和免疫原性试验。
7、实验动物研究所
该所是我国西部首家建立的省级实验动物质量检测机构——重庆市实验动物质量检测中心组成单位；与院药理毒理研究所共同组建了重庆首家通过国家GLP认证的药物安全评价机构——重庆市药物安全评价研究中心（GLP中心）；是国家发改委批准的国家生物产业（重庆）基地实验动物中心建设单位；重庆市实验动物（SPF）生产基地。
8、中药应用开发室
中药应用开发室创建于1980年。主要从事中药与天然产物的应用研究、中药健康相关产品开发研究等中药在非医药领域的应用和开发研究。
研究室现有专职科技人员10人，其中高、中级技术职称研究人员7名。现有专用办公、研究用房，建筑面积650平方米。
此外，在重庆市旅游局大力支持下，组建了“重庆市旅游健康食品技术中心”，搭建了一个重庆市旅游食品的研究、开发与技术交流的平台。
9、科技信息中心
科技信息中心（原图书情报研究室）组建于1953年。1989年该中心被重庆市科技成果查新咨询管理中心批准为生物学、中药查新站。1999年经国家中医药管理局中国中医药文献检索中心考核，被批准为中国中医药文献检索中心重庆分中心。
信息中心馆藏有丰富的中医药文献，有中外文书籍15万余册。中文期刊1400多种，外文期刊1000多种。订有《全国报刊目录》、《中文科技资料目录》、CA、BA等中外文大型检索刊物，以及《维普中外文期刊全文库》、《CNKI中国期刊全文库》等大型文献数据库。
