运营商和金融机构间缺乏合作
国内移动支付不同商业模式并存，运营商、金融机构、移动支付第三方虽然已经在不同程度上建立起合作关系，但总的来看，主导者、合作方以及运营模式不统一；此外，不同主导方所采用的技术方案有差别，实现移动支付功能的载体及其工作频段不统一，分别工作于13．56 MHz和2 GHz频点。上述两方面的差异，提高了国内移动支付推广的成本，为国内移动支付更快的普及带来了一定的障碍。
交易的安全问题未能妥善解决
移动支付的安全问题一直是移动支付能否快速推广的一个瓶颈。信息的机密性，完整性,不可抵赖性，真实性、支付模式、身份验证、支付终端（手机）的安全性、移动支付各环节的法律保障不健全（合同签订、发货、付款、违约、售后责任、退货、纳税、发票开具、支付审计等。
2014年腾讯管家发布“移动支付安全升级版”，在业内首创移动支付“前、中、后”闭环保护，为移动支付的支付终端安全性提供保障，国家法律保障不健全，交易安全问题仍未能妥善解决。
行业标准尚未能完全完善统一
从国内移动支付业务的开展情况看，仍然缺乏统一的被广泛认可的支付安全标准。首先应加强用于移动支付安全保障的信息安全基础和通用标准的研制，为移动支付的安全保障提供基础性技术支撑；同时，加强支撑移动支付业务应用的RFID标准的研制，突破RFID空中接口安全保障技术，加快具有自主知识产权的RFID空中接口协议的制定；国内移动支付产业链中各部门应加强合作，制定通用的移动支付安全保障流程、协议、安全管理等标准，保障移动支付业务系统的互联互通，促进移动支付产业的安全、快速、健康发展。只有一个相对完善的行内标准才能给用户提供一个诚信的支付环境。
虽然我国的移动智能终端数增势迅猛，移动付费的需求也日益增长，不过业内人士蔡烨总结认为移动支付领域的相关产业还将面临如下五大难点：
1、远程支付仍将继续，在未来相当一段时间内如何过渡、如何进行政策和标准引导？
2、可信的平台如何建，如何建及由谁来建可信服务平台（TSM），标准和规则在哪里？
3、商业受理环境建设，六七千万商户只有300万户有POS机，如何催生市场？
4、产业生态环境建设，硬件、芯片、制卡及设备制造等整虽然我国的移动智能终端数增势迅猛，移动付费的需求也日益增长，不过业内人士蔡烨总结认为移动支付领域的相关产业还将面临如下五大难点：个产业链要打通，要盘活。
5、产业服务模式设计，包括整个的商业模式、技术模式、安全模式以及监管模式等。
移动支付生态环境的建立，是不可能只靠任何一两家企业独立地把它完成，所以一定要通过合作的方式，才有可能把整个产业做起来，达到互利共赢的局面。
