开展基础研究，为传染病研究水平提升提供基础；开展应用基础研究，为传染病综合防治提供支撑；开展应用性研究，为传染病相关产业发展提供源泉；开展政策研究，为传染病预防控制决策提供依据；开展管理机制探索，为科研机构机制改革提供模板；开展教学工作，为传染病领域高级人才培养提供基地。
病原所自2006年成立以来，按照“定位明确、整体规划、不断创新、稳步推进”的建所思路，以实验空间、技术体系、学科建设、人才队伍、对外合作、机制体制和所院文化等为工作重点，开拓创新，锐意进取。目前， 10000平方米现代化、标准化装饰的空间，为所址筹建期间的实验和办公提供了场地；价值1.5亿元人民币的3000多台件设备，搭建了基因组学、蛋白质组学、生物信息学、免疫学、细胞生物学、形态学、结构生物学等多种前沿和传统技术的硬件平台；一批来自国内外的中青年优秀人才，形成了一支充满活力、开拓进取的研究、管理团队；通过实体联合、资源基地、项目合作、战略联盟等形式，在国内外逐步形成多个活跃的学术合作网络和科研交流平台；“员工为上，和谐发展”的治所理念营造了一个有利于人才成长和发展的环境。在此基础上，研究所不仅承担了“艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治”科技重大专项、国家重大基础研究规划（“973计划”）、国家高技术发展计划（“863”计划）和国家自然科学基金等一批重大、重点科研任务，而且在国家重大传染病突发公共卫生事件中发挥了重要的支撑保障作用。病原所是我国培养病原生物学领域高层次人才的重要基地，目前，我所已成为博士、硕士培养单位，有微生物学、病原生物学、免疫学、生物医学工程四个专业招收博士、硕士研究生，并设立了博士后流动站，招收的专业涉及生物学、病毒学、细菌学、寄生虫学等相关学科专业。
在各级领导和同行的关心支持下，在全所职工的共同努力和团结协作下，病原所传承和弘扬协和“严谨、博精、创新、奉献”的精神，开拓创新，锐意进取,将为我国传染病防控事业的崛起乃至维护人民生命健康，促进社会和谐发展做出更大的贡献！
