蔬菜花卉研究分院承担蔬菜、花卉等新品种的研育、示范、推广工作。现有员工27人，其中博士研究生1人，硕士研究生13，正高职3人，享受国务院政府和省政府特贴专家1人，哈尔滨市有突出贡献中青年专家2人，东北农业大学兼职教授、硕士生导师3人，科研力量雄厚。
蔬菜花卉分院以建院之初确定的“攻关战略、跟踪战略、示范战略”为指针,在全体员工的共同努力下，取得了可喜的成绩。自1998年以来，获市长特别奖1项；“哈菜豆系列”为国家“九·五”重点推广项目；“将军油豆”被列为国家“十·五”重点推广计划；省良种化工程中标4项；通过黑龙江省品种审定委员会审定命名品种18个；引进品种在生产中推广应用达57个；获农业部神农中华农业科技奖三等奖1项，获省政府科学技术奖一、二、三等奖各1项，获哈尔滨市科技进步一等奖1项、二等奖2项，获黑龙江省农业科学技术奖一、二等奖各1项。分院党支部连续几年被市农委评为先进党支部。 哈尔滨市农业科学院水产研究分院原名哈尔滨市水产研究所，成立于1971年，是一所集科研、开发、教学、服务于一体的市级科研机构。2005年并入哈尔滨市农业科学院，主要从事水产新品种的引进繁育、土著鱼类的养殖与繁殖、鱼类疫病防疫、濒危物种救护等，先后承担国家、省部、市级科研项目20余项，其中10项获国家、省部、市级科技进步奖。现有职工42人，其中研究员4人、高级工程师6人，设有鱼类生理生态研究室、鱼类疫病研究室、鱼类营养研究室、遗传育种研究室以及两个中心、四个基地（冷水性鱼类研究中心、濒危水生野生动物救治中心、太平湖大眼狮鲈保种基地、木兰香磨山湖白鲑保种基地、东北农业大学科研与教学研究基地、哈尔滨市鱼类生态科普基地）。
冷水性鱼类研究中心主要负责冷水性鱼类及土著鱼类的研究与开发，濒危水生野生动物救治中心主要负责黑龙江、松花江流域濒危物种的救治与再利用。2002年成立以来，共救治、放流国家二级保护动物史施鲟成鱼70尾，其中亲鱼两尾，鱼卵50万粒，鱼苗29万尾，10厘米长幼鱼10.3万尾。为黑龙江濒危物种的保护做出了贡献，为建立哈尔滨区域农科教中心奠定了基础。 农业教育分院现有员工15人，其中副高职7人，硕士研究生3人，拥有专兼职教师20余人。
农业教育分院的主要任务是承担哈尔滨市农业成人中专职业教育；承担哈尔滨市各类农业干部培训；承担农民的农业科技素质教育和农民工职业技能培训；承担哈尔滨市农村职业教育师资培训；开展与省内农业高等院校联合培养“学历+技能”型人才的工作。师资力量雄厚，教学手段先进，教学资源丰富，形成了一套较为成熟的教育教学管理体系。
近几年，先后举办了多期乡镇长培训班、农民科技“领头羊”培训班、农村剩余劳动力转移培训班，并经常组织科技人员到田间地头指导和培训农民，为我院新品种、新技术的推广、农民增收、农业增效做出了应有的贡献。同时，我院还与东北农业大学、省市电大等高校开展多层次学历教育工作。截止目前，我院共培养中专生30,000余人，大专生2,000余人，本科生150余人，培养“学历+技能”型人才600余人，培训农技人员2万余人。是哈尔滨市农村职业教育师资培训基地和东北农业大学、黑龙江大学、省农工职院、双城畜牧兽医学校的实训基地，为哈尔滨市农业及农村经济的发展提供了人才和智力支持。 粮食经济作物研究分院现有员工42人，其中正高职1人，在读博士3人、硕士研究生7人，享受省政府特贴专家1人，省劳模1人，“五四”青年奖章获得者1人。
该分院重点开展了玉米、水稻、大豆等粮经作物新品种和配套技术的研究、开发以及现代高新农业技术的研究、示范工作。
近几年，先后承担了国家发改委的“国家优质水稻生产基地建设”、“国家优质大豆生产基地建设”和农业部的“哈尔滨市优质粮饲兼用玉米原原种扩繁基地建设”等项目。在“整合战略、产业化战略、标准化战略”的指引下，各项工作已取得了阶段性成果。已审定玉米新品种2个，取得农作物新品种保护权3个。自主研究完成了多种植物水培、基质培的无土栽培技术研究、示范；蝴蝶兰、非洲菊、紫罗兰、草莓等的组织培养快繁技术研究、开发；蔬菜与花卉的工厂化育苗技术研究、示范与开发；现代设施栽培模式研究与示范。参与的科研项目先后获“市科技进步奖一等奖”和“省科学技术奖一等奖（进步类）”各一项。 农村经济研究中心现有员工10人，其中正高职1人，副高职3人，硕士研究生1人。
目前中心的主要任务是结合哈尔滨市农村发展现状和特点，在农村发展战略规划、农村经济结构调整、农民增收、农业产业化经营等领域开展广泛深入的研究，为政府部门决策提供依据和参考；及时准确地发布农村经济信息、国内外农业发展动态、“三农”问题的新观点、新思路；介绍农业新技术、新产品、新成果，为农业增产、农民增收提供信息服务。
近年来，承担了市科委、市农委、市计委等部门的重点课题研究任务，完成论文和研究报告百余篇，其中有39项研究成果分别获国家、省、市优秀科研成果奖。 哈尔滨市农业科学院畜牧研究分院成立于2005年，在市农委、院党委的正确领导下，在科技局、财政部门及相关单位的大力支持下，经过分院各位同志3年多的共同努力，现已形成具有一定科研能力，并能承担部分省、市级科研项目的畜牧科研部门。
自成立以来，分院重点研究牧草育种、饲料加工及家畜品种改良等工作，先后申报省、市级科研项目十余项,批准三项.先后与东北农业大学、黑龙江省农业科学院、正清和乳业等企事业单位，合作完成科研攻关项目。并完成市委、市农委安排的社会主义新农村帮建，社会调研等工作。配合有关单位组织的科技下乡、支农、扶农等工作。
分院现有研究员1人、享受研究员级待遇高级畜牧师1人、助理畜牧师2人，现代化养殖场一座。在市农委、院党委的领导下，分院遵循“每天进步一点点,每天创新一点点”的口号,逐步提高科研能力,服务哈尔滨市畜牧业,为我市的畜牧业发展、农村繁荣和农民增收贡献力量。 海南育种中心现有固定人员2人，常年在海南工作。每年接待蔬菜和粮食经济作物南繁加代科技人员10-15人。
海南育种中心的职责是：负责南繁基地的日常管理和基本建设；负责南繁专家公寓的建设和日常管理；负责接送南繁科技人员；负责与当地相关部门进行沟通与协调，办理相关事宜的审批手续；负责农科院驻海南办事处的日常管理；负责接待到海南视察的各级领导和院考察团。 农业机械化研究分院原名哈尔滨市农业机械化研究所，成立于1974年，是一所集科研、开发、生产、推广于一体的市级公益性科研机构，2010年12月并入哈尔滨市农业科学院。主要在农业机械化工程领域以研发新型农机具为主，为农牧业生产提供农机化新技术、新装备；为农业可持续发展，推进农业机械化、现代化，进行发展战略研究；为政府各级相关管理部门制定有关法规、制度、条例等提供专业技术依据。
现有职工46人，其中高级专业技术人员16人、中级专业技术人员16人。内设农机化研究室、综合技术研究室、设施农业研究室、农副产品加工研究室、信息资料研究室、科研管理科、综合办公室（下设生产试制车间）、财务科等8个专业职能科室。成立三十多年来，先后承担国家、省、市重点科研攻关项目60多项，其中30多项获省、市科技进步奖，取得自主知识产权专利技术30多项，锻炼和造就了一支学术水平较高，专业技术较强的科技队伍。近年来，农机化分院在联合整地机技术、水旱田保护性耕作技术、谷物干燥技术、玉米收获技术等方面的研究取得多项突破，处于国内领先水平，同时也取得了良好的社会效益。
