基于R对TCGA患者临床数据整理和Cox分析

如题所述

第1个回答  2022-06-19

利用 data.table 包导入数据,以 LUAD 为例

一般常规项包括submitter_id,vital_status,tumor_stage,pathologic_M,pathologic_N,pathologic_T,age_at_initial_pathologic_diagnosis,days_to_death,days_to_last_follow_up,race,gender

先看所选参数在 cl 的位置, table() 查看有几个level,有无缺失值

去掉lost follow up的样本

计算生存时间time

划分age_group

stage

T

N

M

save

对需要观测的临床特质值进行重新编码

去除不需要的临床信息

Vector of variables to summarize

Vector of categorical variables that need transformation

切割数据

最重要的三线表通常是以训练集和数据集来区分:group

Save to a CSV file

Save to a CSV file

event

stage

age

gender

T

N

M

save

载入数据

选择载入不同组数据分别进行cox分析

unicox

multicox

整合表格

以stage为例,其他参数一样做

致谢:生信技能树

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