用R语言做PCA的具体步骤

Question

如题所述

Answer 1

#导入你的矩阵，我的矩阵是包含列名称和行名称的
exp = read.table('exp.txt', header = TRUE ,sep = '\t' )
require(graphics)#调用PCA画图的包
#做PCA时，不要行名称所以从第二列开始
PCA1 = princomp(exp[,2:(dim(exp)[2]-1)] )
summary(PCA1)
pc = loadings(PCA1)
Comp.1 = PCA1$loadings[,1]
Comp.2 = PCA1$loadings[,2]
plot(Comp.1,Comp.2 ,col = c('red','red','red','green','green','green','blue','blue','blue'))
#此数据分为三组，所以我画了不同的颜色。
#这是做PCA以及画图的简单流程，供参考！本回答被提问者和网友采纳

Answer 2

是主成分分析吗？追问

恩，是的。