从陈马两任领导人对“内阁”的操作来看，台湾的“行政院”制度不同于“议会制内阁制”，即“内阁”不对“议会”负责，而直接对“总统”负责。由于“总统”和“国会”均是民选，两者之间互不隶属，这和美国的总统制类似，内阁当然也就不需要对国会负责。但是如果总统亲政的话，将会承担政治责任的风险，所以总统制下责任内阁的出现就成为了一种历史的选择。总统制下的责任内阁制，既维持了“三权分立”的大格局，又让总统能够超脱政治责任之外，一旦总统出现执政危机，他完全可以通过更换内阁的方式转移矛盾焦点，而不需要自己下台。即使总统的政治危机已经到了非常严重的时候，他仍然可以通过宣布“权力下放”的方式来保住自己的地位。“总统制”下的“内阁制”，是台湾“五权宪法”理论在实践中产生的新政治体制，它的优点在于，将选举和治理区分开来。传统认为选举制度和文官制度不可调和，通过选举上台的官员往往只知道政治斗争和选举，对治国则往往力不能及；而传统的文官制度则不能代表民意，虽然行政效率较高，但容易滋生腐败。“总统制”下的“内阁制”很好的解决了这个问题，“总统”专心政治，而“内阁”则专心行政，“总统”通过选举产生，然后由“总统”任擅长于行政管理的文官来执掌内阁，做到选举和治理的最完美结合，以刘、吴两届“内阁”为例，“阁员”中不少是精心培养的学者，还有不少博士。
总统制下的责任内阁制，是西方“三权分立”学说和中国传统政治传统相结合的结果，中国古代皇帝并非都有治国的才能，往往将大权授予以宰相为代表的政府来管理国家行政事务（明代为内阁，清代为内阁和军机处）。总统制的缺点在于总统权力太大，人民往往无法控制政府，如袁世凯时期，容易导致独裁；内阁制的缺点是，中央没有权威，地方各自为政，政权更替频繁，不利于国家和社会的稳定。总统制下的内阁制，将总统制和内阁制的优点结合来，取两者之长处，舍两者之不足，是一种比较科学的政治体制。
以往的“内阁”一般都作为领导人施政无能的的替罪羊，如陈水扁在位八年间，就换了六届“内阁”。“内阁”承担责任的惯例始于2008年民进党在台湾“立法院”大选中失利，时任“阁揆”张俊雄向台湾当局领导人请辞未获批准。2009年9月，为对八八水灾救灾不力负责，刘兆玄“内阁”请辞获准，正式建立了“内阁”承担政治责任的先例。
当然，这种新的政治体制，是否能够适应新时期的社会发展要求，则需要历史的进一步检验了。
