1956年，中国科学院工程热物理研究所的前身“中国科学院动力研究室”成立，吴仲华任动力室主任，办公地点暂设清华园内。
1957年，动力研究室下设了8个研究小组，分别为：内燃机组、煤的动力工艺综合利用组、传热及太阳能利用组、燃烧组、原子能动力组、动力经济、天然气利用及其它组、高速飞行（鱼雷动力、叶轮机械）组。
1958年，吴仲华等创建了工程热物理专业。
1960年，动力研究室挂靠到中国科学院力学研究所，成为力学研究所的第一研究室。吴仲华任力学研究所副所长，同时兼任第一研究室主任。第一研究室有气动组、传热组、燃烧组等三个研究小组。
1961年，撤消第三室。
1963年，由中国科学院建议，国家科学技术委员会批准在上海建立中国科学院工程热物理研究所。因故未能实现，但并未撤销研究所建制。
1964年，第一研究室分成第一、第三和第五研究室。
1972年，中国科学院力学所下放北京市，改为北京力学所，原动力室合并为第一室，分6个组。
1978年，国家科委批准成立中国工程热物理学会。它是由从事工程热物理学科的科技工作者组成的全国性学术群众团体，是中国科学技术协会的组成部分。
1979年，吴仲华以学部委员的名义向中国科学院党组写了一份报告，建议尽快恢复工程热物理研究所的建制。
1980年，国务院批准中国科学院成立工程热物理研究所，中国科学院批复张永逊任中国科学院工程热物理研究所第一届党委书记，吴仲华任工程热物理研究所第一届所长；由中科院工程热物理学会及中国科学院工程热物理研究所共同主办的《工程热物理学报》正式出版，吴仲华教授任主编；中国工程热物理学会在召开全体会员大会，经选举产生了第一届理事会，吴仲华教授当选为理事长。
1981年，中国科学院工程热物理研究所被国务院学位委员会批准为首批博士、硕士学位授予单位。“工程热物理学科”被批准为首批博士、硕士学位授予专业学科。
