合作社处理好与当地政府部门之间的关系关键要做到以下两点：一是积极争取政府部门的支持；二是保持合作社的独立性。
之所以要处理好与政府的关系，是因为我国合作社还处于发展初级阶段，迫切需要政府的帮助和扶持。从国际合作社发展经验来看，政府一般在财政、金融、税收等方面对合作社发展进行指导、扶持与服务。合作社需要处理好与财政、农业、商务、工商、质检等部门的关系，这需要合作社经营人员了解这些部门的职能、办事程序、相关的扶持政策等。如合作社登记注册有哪些要求、如何去做，农业项目如何申请，财政资金如何使用，如何申请农产品相关认证等。合作社要想获得政策的支持，要求经营者具备简单的网络使用技能，及时浏览相关部门的网站，了解相关信息，把握机遇，争取政府的支持。
合作社还要学会与这些部门的沟通，避免与政府部门之间沟通不畅，这需要合作社经营者了解国家及当地政府部门扶持合作社的相关法律和政策要求，遇到一些政府部门侵害合作社利益时，应据理力争，与相关负责人进行沟通，在争取相关扶持的同时，保证合作社自身的利益。
在争取政府部门扶持的同时要保证合作社自身的独立性，才能实现合作社良性发展。合作社是在市场经济条件下发展起来的新生事物，是独立的市场主体，是自我管理、自我服务、自我监督的独立法人。合作社在争取当地政府支持的同时，要防止合作社成为官办机构或政府部门的附属机构。如果合作社是政府或政府部门牵头兴办的，那么在帮助农民建立健全章程和制度并健康运行一段后，政府及有关部门就要主动退出，不干预合作社内部事务，放手让合作社成员按照章程选举出自己组织的负责人，自我运行，自我发展，自我管理，自我监督。
保持独立性关键在于坚持合作社的基本原则。特别是要坚持合作社一人一票的民主决策机制以及按惠顾额返还的盈余分配机制，合作社的经营人员选择、发展战略的制订、重大投资决策等都应由全体成员共同作出。