公元前221年（秦始皇二十六年），下诏设三十郡，县域东北部属鄣郡，西南部属九江郡。
740年（唐开元二十八年）农历正月初八日，置婺源县，县治设清华镇，隶歙州。
901（天复元年），县治由清华镇迁至弦高镇（今紫阳镇）。
1121年（北宋宣和三年），歙州改为徽州，婺源隶徽州管辖。
1855（咸丰五年）至1864（同治三年），太平天国起义军先后20余次攻入县境，12次占领县城。
1934（民国二十三年）年9月4日，国民政府为了便于围剿中央红军，决定将婺源划隶江西，隶属江西省第五行政区。
1947（民国三十六年）年8月16日，婺源划回安徽，隶属安徽省第七行政区。
1949年5月1日，中国人民解放军二野部队进入县城，宣告婺源县解放，属华东区赣东北行政区，隶属于上饶市。
1984年，设置清华镇建制（赣府厅字[1984]357号）。1985年4月18日，设立珍珠山、武口、晓林、凤洲乡（赣府厅字[1985]230号）。
1993年，撤销秋口乡、江湾乡、赋春乡、中云乡，设立秋口镇、江湾镇、赋春镇、中云镇（赣民字[1993]34号批复）。
1994年11月25日，撤销许村乡、镇头乡、大畈乡、思口乡，设立许村镇、镇头镇、大畈镇、思口镇（赣民字[1994]238号批复）。
1997年8月18日，撤销太白乡，设立太白镇（赣民字[1997]175号批复）。至此，婺源县辖11个镇、16个乡：紫阳镇、清华镇、大畈镇、江湾镇、思口镇、秋口镇、赋春镇、镇头镇、中云镇、许村镇、太白镇、沱川乡、段莘乡、古坦乡、浙源乡、溪头乡、鄣头乡、甲路乡、晓鳙乡、武口乡、潋溪乡、龙山乡、高砂乡、珍珠山乡、晓林乡、梅林乡、凤洲乡。
1999年5月31日，撤销武口乡，并将梅林乡的上梅洲村委会、潋溪乡的东岭坞村委会划归紫阳镇（赣民字[1999]125号批复）。
2001年12月3日，撤销潋溪乡，西坑村委会划归紫阳镇；杨溪、善坑村委会划归梅林乡；撤销晓林乡，划归中云镇；撤销晓鳙乡，划归江湾镇（赣民字[2001]570号批复）。
2003年8月19日，鄣山乡更名为大鄣山乡（赣民字[2003]190号批复）。
2003年9月28日，撤销高砂乡，成建制划归紫阳镇管辖（赣民字[2003]252号批复）。
2003年10月21日，撤销梅林乡，成建制划归紫阳镇管辖；撤销大畈镇，成建制划归江湾镇管辖（赣民字[2003]273号批复）。2003年底，婺源县总人口33.5万人。
2005年3月17日，江西省民政厅《关于同意婺源县撤并乡镇的批复》（赣民字[2005]26号）：同意撤销婺源县龙山乡，成建制划归中云镇管辖；撤销凤洲乡，成建制划归许村镇管辖（赣民字[2005]26号批复）。
2006年1月20日，撤销甲路乡，成建制划归赋春镇管辖；撤销古坦乡，成建制划归大鄣山乡管辖（赣民字[2006]5号批复）。
2007年，设立工业园管理委员会。
2008年，设立蚺城街道办事处。
