1.程序权利与义务，和实体权利与义务相对应。在行政法律关系中，以行政机关为一方，以相对一方为另一方，都有实体权利和义务，也有程序权利和义务。行政行为是由实体权利义务和程序权利义务所组成的，职权、职责就是行政机关的实体权利义务。为了行使职权，履行职责，应该采取哪些步骤和方式，先后顺序以及在多长时限内完成，就是程序，如果这些程序是法定的，那就是行政机关的程序义务。例如，《行政处罚法》规定，行政机关在作出行政处罚决定前必须听取相对方的陈述和申辩，重大处罚还要听证。这就是行政机关的程序义务，也就是公民、法人或其他组织的程序权利。行政机关的程序权利，也就是公民、法人或其他组织的程序义务，一般表现在公民、法人或其他组织向行政机关提出某项申请，或行政机关要求公民、法人或其他组织履行某项义务时所设置的程序要求，公民如不履行这些程序义务，就可能得不到所申请的许可，或将受到某种处罚。
2.程序与实体是紧密联系的。实体是内容，程序是形式，程序是为实体服务的。人们将此称为程序的工具主义。但在很多行政法律关系中，程序的作用特别重要。
第一，在行政法律关系中，公民、法人或其他组织作为相对一方，其程序义务，即行政机关的程序权利，实际上早已独立存在，并严格按照规定追究责任。这种程序义务大都由单行的法规、规章规定，行政机关是将之作为行政权的一部分行使的。例如，规定公民的某项申请必须经哪些机关批准，那么，就一个机关也不能少，且必须按顺序盖章。规定必须多少天或几月几日前送上申请书，期限一过，行政机关就不会再接受。要求公民在几月几日前必须纳税，期限一过，就将给予处罚。对于这种极为严格的程序义务和程序责任，人们早也习以为常。
第二，行政机关的程序义务在很多情况下将会影响相对一方的实体权益，但也有相当一些行政程序，并不涉及相对一方的实体权益，在这种情况下，并不意味着就没有权利义务问题。首先，行政机关不履行程序义务，即程序违法，是行政机关违反法律的问题，就“违法”这一点而言，是实体违法还是程序违法，并无差别；行政机关违法而不纠正，其危害远较公民违法要严重得多。其次，实际上程序问题也涉及到实体问题。例如，《治安管理处罚法》规定，复议决定必须在5日内作出，超过期限是程序违法，这种违法涉及到谁的合法权益？5日作出或8日作出，对相对一方来说，并无多大实际损害。《治安管理处罚法》所以规定复议决定必须在这短短的5日内作出，体现了立法者从速处理治安问题、治安问题决不能拖延的意图。否则，受到损害的将是社会治安秩序，即全体人民的利益。再比如，在检查公民身份证时，公安人员必须首先出示自己的证件，这是表示身份程序。是否表明身份，在很多情况下并不影响相对一方的合法权益。立法者设置这一程序，首先是为了体现执法工作的严肃性，也是为了防止假冒，避免社会次序混乱，损害国家利益。可以说，在很多情况下，程序的背后都体现着国家的、社会的某种更高层次的利益。
第三，更为重要的是，程序本身自有其内在的价值。例如，在作出对公民权利的不利影响的决定前，必须听取意见，体现了社会主义的民主参与、尊重公民个人的尊严；禁止以任何形式的暴力获取证据，体现了社会主义的人道精神和对公民个人尊严的尊重；重大决策前听取专家和利害关系人的意见，体现了程序理性；规定多少时限内对公民作出答复，体现了行政效率的要求，等等。因此，不存在空头的无意义的程序。所有的程序不仅或多或少与相对一方的合法权益有关，也与国家、社会利益相关连。一切违反法定程序的行为都将是给社会或个人带来危害的行为。因此，程序权利义务就有了独立的意义和价值。
3.凡是违法行为都必须追究法律责任，这也是社会主义法制的一项重要原则。对一切违反法定程序的行为同样应当追究法律责任。但是，当行政机关程序违法时如何追究责任，却是一件相当复杂，因而存在众多争议的问题。从实践来看，行政机关的程序违法有几种情况：
一种是：程序违法，实体上也直接损害相对一方的合法权益，即我们平时所说的程序违法，实体也违法。
另一种是：程序违法，实体上似乎并未侵害相对一方的合法权益，即我们平时所说的程序违法，实体正确。
当然还有一种情况是，程序合法，实体违法。对于第一和第三种情况，根据我国《行政诉讼法》的规定：撤销，追究实体违法的责任。困难的是第二种情况。根据上面的分析，既然存在独立的程序权利义务，行政机关程序违法，也就应该独立承担法律责任，而不应该把程序仅仅看成是实体的工具而完全依附于实体，因此，从理论上说，程序违法应该独立追究法律责任。但是，程序违法的情况还有其复杂之处。就程序本身的重要性，即内在价值而言，在程度上还是有区别的。如前例，行政机关在作出对相对一方不利影响的决定前，不听取对方的意见，或法定应该听证而不听证，就属于严重程序违法，因为这一程序缺陷违背了社会主义的民主与参与精神；再如，用暴力取得证据，也属于严重程序违法，因为它违反了社会主义社会对人的尊严的尊重，等等。对于这些程序违法，不管实体上是否正确，就应一律予以撤销，不得重新作出行政行为。但有些程序违法，例如，因疏忽忘了在文件上注明日期，属于程序上的小的瑕疵，可以重新补正。总之，存在独立的程序权利义务，是程序违法应该追究责任的基础。法律在设定程序违法的法律责任时，则要根据行政违法行为中程序与实体的违法情况和关系，以及程序违法本身的严重程度等具体情况作出规定。
目前，我国法律对程序违法的法律责任已有两种规定，一是《行政诉讼法》规定的程序违法，判决撤销，同时判决行政机关重新作出具体行政行为。这样做的目的就是使行政机关由于程序违法而承担败诉责任，体现严肃执法的要求。但同时又允许重新作出具体行政行为，也就是允许行政机关改正。这是我国法律第一次就行政程序违法后承担法律责任所作的规定。毫无疑问，这一规定是建立在该行政行为程序违法、实体合法的基础上的。但是该法没有分出在程序严重违法的情况下，是否还能适用本条规定。这是时代的局限。另一种是《行政处罚法》的规定，如果执法者程序违法时主观上有故意，那就应该追究其损害国家、社会利益的责任，除承担败诉责任外，还应由行政机关主动，或经司法建议后，视情节轻重给予执法工作人员以行政处分。这是考虑到我国对行政程序的认识情况所作的特殊规定。
