1、卖方不同：
京东自营旗舰店就是B2B（厂家卖给京东）然后B2C（京东再卖给消费者）。
官方旗舰店就是B2C（由厂家卖给消费者）。
2、发货仓库不同：
京东自营旗舰店是从京东自己的仓库发货。
官方旗舰店是从厂家自己的仓库发货。
扩展资料：
1、211限时达：
当日上午11：00前提交的现货订单（部分城市为上午10点前），以订单出库完成拣货时间点开始计算，当日送达。
夜里11：00前提交的现货订单（以订单出库后完成拣货时间点开始计算），次日15：00前送达。截至2013年12月31日，211限时达已覆盖全国40座城市。
2、次日达：
次日达服务：在一定时间点之前提交的现货订单（以订单出库后完成拣货的时间点开始计算），将于次日送达。除211限时达服务外，京东次日达服务还覆盖全国248座城市。
3、极速达：
极速达配送服务是为用户提供的一项个性化付费增值服务，如用户选择极速达配送服务，需通过在线支付方式全额成功付款或货到付款方式成功提交订单后，并勾选极速达服务后，京东会在服务时间内，3小时将商品送至您所留地址的一项服务。
极速达业务覆盖在北京、上海、广州、成都、武汉、沈阳六个城市。
4、京准达：
京准达是京东提供的一项可以选择精确收货时间段的增值服务。如选择京准达配送服务，通过在线支付方式全额付款或货到付款方式成功提交订单后，将在指定的送达时间段内，将客户选择的属支持京准达服务的商品送至提供的订单收货地址。
需对每张订单在原订单金额基础上，加收京准达运费（大件商品每单39元，中小件商品每单6元，若一个订单中同时包含大件商品及中小件商品，将同时收取大件商品及中小件商品的京准达运费。
5、夜间配：
夜间配服务是为用户提供更快速、更便利的一项增值服务，如用户需要晚间送货上门服务，请下单时在日历中选择19:00-22:00时段，属夜间配服务范围内的商品，京东会尽可能安排配送员在用户选定当日晚间19:00-22:00给用户送货上门。
参考资料来源：京东-京东自营和旗舰店区别
参考资料来源：百度百科-京东