流动人口在面临多重挑战，其中最突出的问题包括子女教育和医疗保障。
子女教育方面，流动人口子女在公立学校就读的比例仅为69%，学籍管理制度成为主要障碍，大龄儿童入学困难。政府虽努力保障平等教育，但民办学校在条件、师资和质量上与公立学校仍有较大差距，大部分集中在城乡接合部，条件简陋。
在医疗方面，医疗服务供给不足，近一成流动人口选择回老家就医，异地报销困难，仅有26.8%的医保流动人口能部分报销，大部分费用仍需个人承担。而且，社会保障普遍不健全，近40%的流动人口未参加任何保险，尤其是建筑行业，仅有23.4%参加工伤保险。
流动人口的劳动权益保护也存在问题，劳动合同签订率低，劳动时间长，防疫难度大，如广州市2008年新增肺结核病人中一半是流动人口，教育和医疗的不平等加剧了流动人口的生活困境。
尽管社会各界关注，解决这些问题还需更多努力，包括改善公立学校接纳流动儿童的政策、提高医疗保障覆盖率以及强化劳动权益保护措施。
流动人口是在中国户籍制度条件下的一个概念，指离开了户籍所在地到其他地方居住的人口，但目前尚无明确、准确和统一的定义。国际上，类似的群体被称为“国内移民”（internal migration）。