秘书科：组织协调机关日常工作;负责机关的文电、机要、档案、财务、信访、保密、后勤接待、安全生产监管和维护稳定等工作;负责办机关及所属单位的党务群团、纪检监察、机构编制、人事管理及离退休人员的管理服务工作;负责政府法制的信息公开和新闻发布工作;承担市政府领导学法活动的组织工作;组织开展政府法制理论研究和宣传培训工作。
审批业务管理科：牵头组织全市行政审批制度改革推进工作;负责确定进驻中心的窗口单位及其审批服务事项;负责对窗口单位的办件业务进行监督管理;协调裁决窗口单位在办理审批业务中出现的意见分歧;建立行政审批效率考核机制,推动行政审批提速;负责对县市区审批中心进行业务指导。
考核督查科：制定完善中心考核管理办法和日常管理制度;负责中心窗口单位及工作人员的日常管理;负责窗口单位及工作人员月度、年度考核工作;处理服务对象对窗口单位及工作人员的投诉并提出处理建议;负责中心党群工作和队伍建设,组织各类文体活动;负责中心日常接待和宣传报道工作。
信息网络管理科：负责中心网络办公平台的规划、开发和日常维护工作;负责硬件办公设备的采购、安装及安全运行工作;负责中心政务信息的组织、管理和发布工作;承担窗口及其工作人员网络信息的业务指导、培训工作;指导县市区审批中心的网络建设工作。
投资服务科：为投资者提供投资政策、法律咨询服务;创新完善投资创业服务体制机制;组织办理相关审批手续,对重点投资项目进行协调督办,为投资项目提供全程服务;组织投资人对投资审批服务部门的服务质量和工作效率进行客观评价,受理有关投诉;参与制定、督促落实全市投资审批优惠政策;组织对全市投资审批情况进行统计分析。
公共资源交易服务科：会同有关部门制定政府采购、工程项目招投标、土地交易、产权交易等方面的交易规则;指导、规范交易各方依据法律法规规章和交易规则进行交易;对相关行业监管部门履行监管职能的情况、招标人和代理机构招投标全程、评标专家库的建立、使用、管理等依法实施监督;处理对相关行业监管部门及其工作人员、各类代理机构进行交易活动的投诉,依据法律法规规章和交易规则对违规、违纪和违法行为进行纠正或提出处理意见及建议。
滨海分中心：负责组织潍坊滨海经济开发区、寿光、昌邑北部沿海经济开发区内涉及市级投资项目审批;协调解决项目办理过程中遇到的有关问题;为重点投资项目开辟绿色通道,推进投资项目落地;对市级部门驻滨海分中心的窗口及工作人员进行监督、管理和考核。
