自1988年建区以来，南京高新区始终坚持“发展高科技，实现产业化”的办区宗旨，大力发展具有自主知识产权的高新技术产业，初步形成了软件及电子信息、生物医药、卫星导航应用等主导、特色产业集群
1.软件及电子信息产业：南京软件园承担着高新区软件及电子信息产业的建设与发展，规划面积约20平方公里，重点发展通信导航信息安全、电力自动化及智能交通、移动互联网服务、电子商务、软件和信息服务外包、IC设计和文化创意产业，并着力发展三网融合、云计算、物联网等产业。目前已拥有软件企业500余家，其中双软认定企业170家，收入超亿元企业50家，2013年软件产业收入432亿元。焦点科技的中国制造网、特捷交通的电子客票服务系统等软件企业已成为高新区软件企业的特色亮点代表。
2. 生物医药产业：南京生物医药谷规划面积10平方公里，其中研发区3平方公里，生产区7平方公里。拥有绿叶思科、健友生化、微创医药科技等生物医药企业近200家，2013年产值超过50亿元。建有专业研发孵化大楼、中试区、生物医药专业技术平台、动物实验中心等，符合生物医药企业研发和孵化需求。从事高端研发生产的生物医药企业。园区拥有国家遗传工程小鼠资源库、国家中药饮片质量标准研究中心、国家林化所生物化学中心、国家生化工程技术研究中心、药物安全评价中心等5个国家级研究中心，有江苏省基因药物研发中心等8个省部级研究中心。中丹生态生命科学园是一个致力于发展节能环保、生物技术、医药研发、医疗器械、服务外包等生命科学领域产业的专业园区。规划占地面积约300亩，总建筑面积约30万平方米，着力引进丹麦及北欧节能环保、生物技术等生命科学领域等高端企业，目前中丹园一期9.5万平方米的大楼已建成并将于年底交付使用，中丹园二期也将于明年8月建成，准备通过3年的努力将中丹生态生命科学园打造成为国际化的绿色生态示范工程。
3. 卫星导航应用产业：北斗卫星导航产业基地目前拥有卫星导航应用产业企业50余家，已建成北斗位置网中心、北斗产业展示中心、北斗产品检测认证中心等多个服务平台。规划面积4.2平方公里，其中3.7平方公里北斗产业制造区，以终端设备制造为主，重点引入芯片及元器件制造、精密定位终端、卫星通讯设备、导航设备终端生产及产业链相关企业，0.5平方公里建设北斗产业研发运营区，以研发、检测、认证和运营服务为主要功能。研发区内重点项目载体北斗大厦总建筑面积约20万平方米。其中一期3万平方米已建成投入使用，入驻20多家卫星应用企业。
