1、含义不同
中国科学院（英文名称：ChineseAcademyofSciences，简称中科院）成立于1949年11月，为中国自然科学最高学术机构、科学技术最高咨询机构、自然科学与高技术综合研究发展中心。
高等学校泛指对公民进行高等教育的学校，与大学词义相近。大学，是指综合性的提供教学和研究条件和授权颁发学位的高等教育机构。现在的大学一般包括一个能授予硕士和博士学位的研究生院和数个专业学院，以及能授予学士学位的一个本科生院。
2、招生不同
中国科学院是研究中心，不对外招收本科学生。
高等学校是需要招收专科生、本科生、研究生等学生的地方。
3、包含不同
中国科学院共拥有12个分院、100多家科研院所、3所大学（中国科学院大学、中国科学技术大学，与上海市共建上海科技大学）、130多个国家级重点实验室和工程中心、210多个野外观测台站，承担20余项国家重大科技基础设施的建设与运行，正式职工7.1万余人。
高等学校是大学、专门学院、高等职业技术学院、高等专科学校的统称，简称高校。从学历和培养层次上讲，包括专科、本科、硕士研究生、博士研究生。其中大学一般指综合型高等院校，专门学院包括了医科大学、戏曲学院、音乐学院、美术学院，高职高专院校包括职业技术学院、高等专科学校等。