研究所以观测地球物理、实验地球物理、理论地球物理和应用地球物理综合研究为发展基础，重点加强“地震学、地球内部物理学、地磁学和工程地震学”四个优势学科和“观测、实验”两个基地的建设。根据确定的学科领域和方向任务，研究所围绕重点学科发展和防震减灾工作的需要，将原有的14个研究室优化整合为8个研究室：数字地震学与震源物理研究室
工程地震学与城市减灾研究室
实验地球物理研究室
实时地震学与地震预测研究室
地磁学与震磁电关系研究室
地球物理观测技术研究室
全球地震活动与核查技术研究室
地球内部物理学与深部孕震环境研究室
北京基准地震台更名为国家地球观象台
管理部门：研究所的行政管理机构从原有的10个处（办）精简为3部3 办：
人才资源部
计划财务部
科技发展部
办公室
党群工作办公室
离退休工作办公室
科研辅助部门及学术机构：整合了图书资料馆，科技期刊编辑室和中国地震学会办公室；成立了财务室；全国地震标准化技术委员会秘书处挂靠地球物理研究所，并在工程地震与城市减灾研究室设立相成的研究课题组。
亚洲地震委员会；IASPEI强地面运动、地震灾害与地震危险性委员会；IASPEI中国委员会和IUGG中国委员会等国际学术组织的秘书处在地球物理研究所的相关部门设立办事机构。
后勤保障和科技开发部门：按照政事分开的原则，重组了后勤服务中心。负责研究所办公楼和住宅楼的物业管理；承担公务和大震应急用车、复印、职工食堂、医疗等后勤服务工作；负责与社区和街道等相关部门的协调工作。
组建了防灾减灾工程技术研究院，依托研究所的科研优势和技术力量，进行地震工程项目的开发和科技成果的转换。重新整合了北京天祥地球物理公司和三里河工厂。4月4日～14日
地球物理所所长王椿镛等一行三人赴法国参加欧洲地球物理学会、美国地球物理联合会和欧洲地球科学联合会2003年联合大会。
6月29日～7月12日
地球物理所陈运泰院士等四人赴日本参加第23届国际大地测量和地球物理联合会（IUGG）大会。
12月7日～14日
地球物理所所长王椿铺赴美国参加美国地球物理联合会（AGU）秋季会议。
12月30日～2004年1月12日
地球物理所研究员李小军等一行三人赴巴基斯坦执行中国科技部与巴基斯坦原子能委员会地震科技合作项目。
