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高通量测序深度
microarray 和二代
测序
的区别
答:
前者主要是基因芯片,通常是不能得到序列的,只能比对出基因或者外显子的突变,也有蛋白芯片rna芯片,二代测序是
高通量测序
,具有
很高深度
,可以达到几百上千x的深度
基因芯片与全外显子区别
答:
全外显子组测序,是指利用序列捕获技术将只占基因组1%的外显子进行
高通量测序
,从而检测出约85%的致病突变,
测序深度
更高,数据更有效,变异检测更准确。全基因组测序,是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部基因进行测序,可以同时检测到外显子、内含子和调控序列,价格较贵,目前内含子和...
什么是TMB;解读注意事项
答:
TMB,即肿瘤基因组中非同义突变的数量或密度(每兆碱基对中的突变数),它作为一种替代的新抗原负荷指标,曾以全外显子组测序(WES)作为权威标准进行评估。然而,随着
高通量测序
(NGS)技术的发展,特别是大panel检测的广泛应用,TMB在预测免疫治疗疗效上的作用愈发显著。共识与最佳实践
深度
与覆盖范围:...
全外显子测序和
高通量测序
一样吗
答:
能否简述下全外显子测序和普通的基因测试、全基因组测序有什么不同...全外显子组测序,是指利用序列捕获技术将只占基因组1%的外显子进行
高通量测序
,从而检测出约85%的致病突变,
测序深度
更高,数据更有效,变异检测更准确。全基因组测序,是利用高通量测序平台对一种生物的基因组中的全部...
测序
常用名词的解释整理
答:
所以又被称为
深度测序
(Deepsequencing)。什么是Sanger法测序(一代测序)Sanger法测序利用一种
DNA
聚合酶来延伸结合在待定序列模板上的引物。直到掺入一种链终止核苷酸为止。每一次序列测定由一套四个单独的反应构成,每个反应含有所有四种脱氧核苷酸三磷酸(dNTP),并混入限量的一种不同的双脱氧核苷三磷酸(...
深度测序
的read是什么 mapping到基因组是RNA还是
DNA
基因组。是否所有的...
答:
深度测序
的read指的是
高通量
中双端测序得到的一条条序列,如测序前将
DNA
打成小的片段,测序是从这个片段的两端测的,即会产生两条reads。至于是mapping到基因组还是DNA基因组,这要看你做什么了,一般基因组是指生物个体的全基因组。并不是所有测序都要RNA反转,这其实要看你想做什么分析,如做转录...
苹果蠹蛾基因组为化学生态学及抗药性研究提供一种思路
答:
什么因素导致其在新的环境中快速繁殖以及形成高的抗药性,为了去解决这些问题,科研人员采用Illumina和PacBio测序技术的结合再通过BioNano和Hi-C去辅助scaffold组装。
DNA测序
取样为42头雌性成虫,构建了四个PE文库,三个MP(mate-paired)文库。移除低质量reads后共产生245.5Gb的clean data,
测序深度
为390x(kmer分析以及流式...
干货分享|三代人目标区域
测序
技术
答:
以Pacbio和ONT为代表的三代长读长测序技术弥补了这一不足,但因成本相对较高限制了其广泛应用。三代目标区域测序技术,不仅保留了长读长的测序优势,又可以针对感兴趣的基因或区域以更高的性价比进行
高深度测序
研究。目前,三代目标区域测序技术已被应用于疾病或癌症领域HLA、STR、融合基因、甲基化检测...
深度
好文 | 单细胞RNA
测序
技术简介
答:
单细胞测序技术主要包括以下流程:组织解离得到单细胞悬液,细胞裂解,RNA逆转录成cDNA,PCR扩增,
高通量测序
,数据分析等。 具体到操作层面上,单细胞解离主要包括三种方法:(i)...
火爆的染色体外环状
DNA
(eccDNA)研究,你关注了吗?
答:
目前已经报道的基于
高通量测序
方法研究eccDNA的报道都是基于Paul S. Mischel团队开发的AmpliconArchitect软件,基于二代全基因组测序数据(5-10X覆盖
深度
),该软件可自动比对基因组,寻找断点信息,并结合SV和CNV的分析结果生成eccDNA的分析结果。不过需要注意的是,目前该软件的license是收费的。 不过还可以考虑通过提取环状DNA...
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