讲述了一位检察官历经十年光阴，付出无数代价查清案件真相的故事，赞美了正义与勇气的力量。
沉默的真相讲述了侯贵平是苗高乡的教师，支教时发现卡恩集团的犯罪事实，他为了保护自己的女学生，毅然与黑暗势力做对，被冤枉致死。侯贵平女朋友李静发现事情并不是那么简单，便求助老同学江阳。江阳是江华大学政法系研究生毕业，年轻的时候阳光英俊，一身正气，曾任检察官，在李静的求助和女友吴爱可的鼓励下，着手侯贵平案，江阳等人一查就是10年。
10年后，江阳的身体抱恙，便跟李静，张超，朱伟，陈明章，张晓倩策划了一场地铁抛尸案。而接手这个地铁抛尸案的严良是专案组副组长，办案风格剑走偏锋，不按常理出牌，对细节有着敏锐的洞察力。
嫌疑人杀人抛尸，却因意外在大庭广众之下被当场抓获。现场至少有几百个目击证人，嫌疑人对整个犯罪经过也供认不讳。人证、物证、口供，证据链齐全。就在对嫌疑人正式提起公诉之时，案情却陡然生变。当他们开始收到所谓的“九宫格”照片信的时候，一点一点地牵扯出10年前的案件真相。
剧情看点
本剧总共分为三条线索，其一就是张超地铁抛尸引发了对十年前旧案的关注，江阳究竟是如何死亡，成为大众关注的话题。迫于舆论的压力，警方必须也不得不尽力将江阳的死因查清。
其二，十年前，身为年轻检察官，义气风发的江阳，却遇到了昔日大学同学李静的求助，她称自己男友侯贵平被人冤枉性侵女学生，又自杀身亡，希望江阳能够帮助她查明真相。
江阳接受了李静的请求，却在追求整个真相的过程中，将一切全部失去了，梦想，前途，甚至是自己的性命。
其三，侯贵平本是一个政法大学的高材生，却在支教项目中，发现当地成系统的女学生性贿赂事件，就在他找寻到证据，想要将一切真相大白之际。被人诬陷强奸妇女，后残忍抛尸杀害。
这三条线索，拼凑出来的是整个故事。整体剧情环环相扣，若无因，便不会有果。三条线索并行，其切换和衔接都恰到好处。全剧中所涉及的人物，命运交织起来，为我们揭示了什么是正义，正义在一片黑暗之中又将是怎样的存在。