丙肝病毒核心抗原与人体细胞核的一种多肽抗原“长得”十分相像，感染丙肝病毒后，免疫系统常常误把人体细胞核的多肽抗原当成丙肝病毒核心抗原，其结果没有清除丙肝病毒，反而伤了自身细胞，引起自身免疫性损伤和相关疾病。因此，丙肝病毒比乙肝病毒感染更容易发生肝损害。在病毒复制阳性的慢性丙肝病毒感染者中，88%存在肝脏组织学改变[3]；肝功能持续正常的病毒携带者仅占20%～30%；而且，在这些持续肝功能正常的感染者中，肝组织学正常者仅占13.6%～17%，大多数感染者有肝组织炎症病理改变，甚至有中-重度肝炎表现和肝硬化。
但丙肝病毒也有弱点。它感染肝细胞后，只呆在肝细胞浆内复制，不像乙肝病毒那样会“钻”，一直“钻”进肝细胞核内“扎根”。所以，经过有效的抗病毒治疗，丙肝病毒可以从体内彻底清除。尤其是近几年来，已经有许多直接抗丙肝病毒逐渐问世，丙型肝炎的治愈率已经达到90%以上，成为一种可以完全治愈的疾病。
首先，丙肝病毒特别狡猾。它可通过一些特殊的机制，把自己重要的基因隐藏起来，并保持其相对稳定；而把免疫系统能够发挥作用的基因抗原——丙肝病毒包膜蛋白-2放在容易发生变异的位置，形成一个高度变异区，导致病毒在复制过程中像孙悟空七十二变一样不停地发生变异。机体免疫系统对原病毒抗原产生的抗体，在迅速突变的新病毒株面前很快失效；而再产生刚刚能对抗新病毒抗原时，病毒又发生了新的变化，从而逃避人体免疫系统对它的清除。因此，至今没有研究出预防丙肝病毒感染的疫苗，也没有有效的免疫学方法预防或治疗丙肝病毒感染，而且导致病毒感染后容易难以清除，成为慢性感染者。
丙肝病毒损害肝细胞的手段比乙肝病毒更多。乙肝病毒只会寄生在肝细胞内，它本身并不引起肝损伤，只有在身体的免疫系统受到病毒刺激而“生气”的时候，才会和肝细胞中的乙肝病毒“打仗”，引起肝细胞“死亡”。所以，乙肝病毒感染者中肝功能正常的病毒携带者很常见。而丙肝病毒可以通过许多办法导致肝细胞损伤。丙肝病毒可以直接破坏肝细胞。不仅如此，丙肝病毒也可以像乙肝病毒一样刺激免疫系统，挑起战争，导致肝损害。丙肝病毒作恶不仅限于肝脏，它还会改变人体代谢，导致糖代谢、脂代谢紊乱，引起肝细胞脂肪变性，导致肝细胞迫害。丙肝病毒还常常在人体内挑起“内战”。
传播方式是乙肝和丙肝的区别里最明显的一点，乙肝主要是通过母婴传播，丙肝主要是通过医源性传播。对于乙肝而言，有可以预防的疫苗，而丙肝却没有疫苗，这是也乙肝和丙肝的区别之一。 丙型肝炎和乙肝的区别还有就是丙肝病毒比乙肝病毒更易发生变异。乙肝病毒是DNA病毒，而丙肝病毒属于RNA病毒，极易发生变异，这也给治疗和疫苗的研制增加了不少困难。 最后一点乙肝和丙肝的区别是丙肝较乙肝容易治疗。乙肝治疗过程较长，需要定期检查和长期调养，而丙肝不同，只要治疗得当，可以很快康复。
