目的基因和标记（抗药）基因处于同一个质粒上。一般所用的质粒这两个基因由不同的启动子驱动。抗药基因都是持续表达，所以只有含有质粒的细菌才能存活并被扩增。而目的基因则根据情况而定。如果只是用来扩增，而不需要在细菌中表达（比如启动子是哺乳动物的），那目的基因就不会表达，而要转染到动物或人的细胞内才会表达。而如果是要用细菌来表达目的基因，则会采用细菌的启动子，这是抗药基因和目的基因同时表达。
请参阅我对类似问题的回答，
http://zhidao.baidu.com/question/224314648.html以上是针对细菌的。对哺乳动物的细胞，稳定转染需要带有目的基因和抗481基因（neo）的质粒和染色体发生重组。由于质粒的大小相对于染色体很小，大多数情况下这2个基因不会分开。你说的情况发生于只有抗药基因发生重组和目的基因没有重组的情况。不过由于比例很小，可以忽略不计。