宋代至清代中期，今仓山地区在闽县内，属高盖南乡的时升里及光德里的一部分；在怀安县（1580年改为侯官县）内属移风乡的长寿里、崇福里、清化里。元、明时期，仓山地区内还设有清安、清泰、登龙、义安、东安、兴义、龙桥北、龙桥南、鳌头、万安、龙峰、梅峰、南洲、济川、龙江、雁塔、雁塔胜、雁塔福、临江、檀越、磁窑、中龙、云应等23个境。清乾隆、嘉庆年间，新增新登上、新登胜、新登福、新登义、临江胜5境，原万安境分为万安上境、万安中境、流泽境，合计共30个境。清道光、咸丰年间，东安境分为东安正境、东安上境，鳌头境分为鳌头境、鳌头胜境，合计32个境。同期闽县和侯官县分区，仓山地区分别为下渡区、上渡区的一部分，其中上渡区仅有檀越境、磁窑境、中龙境、云应境，其他28境在下渡区内。
2004年全区辖8个街道、5个镇： 仓前街道：梅坞社区、万春社区、振兴社区、公园社区、麦园社区、利民社区、劳工社区、星园社区、航兴社区； 东升街道：东兴社区、东南社区、埔头社区； 对湖街道：长安社区、施程社区、程厝社区、马厂社区、仓顶社区、师大社区、湖岭社区； 临江街道：观井社区、上藤社区、信平社区、太平洋城社区、河边社区、仓前山社区、下池社区、菖蒲社区； 三叉街街道：村东社区、村西社区、村南社区、村北社区、湖畔社区、绿岛社区、金浦社区； 上渡街道：天民社区、新成社区、红星社区、洋洽社区、鹭岭社区、飞凤社区、滨洲社区； 下渡街道：金彩社区、港头社区、港当社区、工农社区、小岭社区、藤山社区、龙津社区、下藤社区、银桥社区； 金山街道：金洲社区、金河社区、金环社区、金麟社区、金骏社区、鑫龙社区、建中社区、水都社区、吉龙社区、横江社区、丽景社区、香江社区、上雁村、潘边村、石边村、卢滨村、新颐村、刘宅村、葛屿村、闽江村； 仓山镇：万里社区、三高居委会、万升社区、万里村、郑安村、下湖村、先农村、湖边村、联建村、东升村、金星村、仓山村、先锋村； 城门镇：胪雷村、龙江村、浚边村、清富村、洋坑村、下洋村、梁厝村、谢安村、安平村、厚峰村、璧头村、樟岚村、狮山村、绍岐村、福濂村、潘墩村、连坂村、黄山村、胪厦村、城门村、敖里村、白云村、湖际村、前锦村、濂江村； 盖山镇：郭宅居委会、白湖村委会、江边村、浦下村、仕宅村、郭宅村、叶下村、葫芦阵村、北园村、首山村、齐安村、东兴村、黎升村、跃进村、浦口村、竹榄村、新安村、半田村、中山村、中亭村、尚保村、吴山村、高湖村、吴凤村、天水村、后坂村、照屿村、洋下村、六凤村、上岐村、下岐村； 建新镇：淮安居委会、洪塘居委会、农大居委会、马榕社区、金亭社区、梅洲社区、江滨社区、状元社区、嘉禾社区、金洪社区、福湾社区、金港社区、浦江社区、洪光村、劳光村、阵坂村、楼下村、麦浦村、高宅村、冯宅村、红江村、玉兰村、东岭村、凤高村、江边村、透浦村、冠洲村、湾边村、中截村、长埕村、横龙村、建平村、霞镜村、半道村、港头村； 螺洲镇：螺洲居委会、天福村、乾元村、敖山村、店前村、吴厝村、洲尾村、杜园村； 红星农场：虚拟村委会。
