其检查步骤如下：
（1）术前1 小时作低压清洁灌肠，或给开塞露导泻，使患者排空大便，精神紧张者可给予镇静剂。
（2）嘱患者取左侧卧位，双腿屈曲。
（3）先进行直肠指检，除探查有无肛裂、内痔及直肠狭窄外，并有扩张肛门的作用。
（4）术前仔细检查有关器械是否连接完好，尤其注意光源装置是否完好，在乙状结肠镜上，涂凡士林或液体石蜡，将窥镜前端置于肛门处，嘱患者全身放松，张口深呼吸，然后将窥镜轻柔缓慢地插入直肠，顺骶骨方向插进5cm 时，已通过肛门括约肌。
（5）直视下，将镜身沿肠腔向前推进，边观察边缓缓插入，看不见肠腔时，决不可盲目推进，插入困难时要及时停止，并立即请有经验的医师协助指导，切记“见腔进镜”，一般镜身可深入25 ～ 30cm。
（6）在插入过程中随时注意黏膜是否正常，有无红肿、萎缩、肥厚、溃疡、糜烂、出血或渗出及肿瘤与息肉；若有溃疡应注意其大小、位置及形状，并可取活体标本作镜检、培养或病理检查等。
（7）对可疑病变黏膜，可用活检钳取小块病变组织作病理检查。
钳取组织时要避开血管，不得深入黏膜下，严禁撕拉。活检后，如出血量多，可经内镜在局部喷撒凝血酶或立止血，标本取出后应及时用甲醛固定。
（8）拔出镜身时，应边退出，边观察，直到完全退出为止。
（9）术后，患者应休息数小时，并观察患者有无腹痛、便血。
必要时测血压及脉搏的变化，有肠出血及肠穿孔时，应及时请外科进行处理。