齐齐哈尔市国家税务局机关内设机构12个、直属机构1个、事业单位3个，级别均为正科级。
（一）内设机构
1、办公室
制定局机关和本系统的年度工作计划及长远发展规划；处理局机关日常政务，起草和审核有关文件和报告；负责综合性会议组织、督查督办、秘书事务、文电处理、文书档案、文印、信访、保密、调研、政务信息、税收宣传和外事工作；制定办公规章制度；组织实施综合行政管理信息系统；办理人大代表建议、政协委员提案；协助局领导对有关工作进行综合协调。
2、政策法规处
进行有关政策法规的调查研究和宣传培训；负责贯彻、建立和推行规范税收执法的规章、制度；负责税收资料调查工作；负责组织对税收法律、法规执行情况进行监督检查；承办重大税收案件审理的日常工作；负责税务行政诉讼、听证和赔偿等涉税法律事务；负责规范性文件的会签把关、税收检查案件的复查复审以及配合审计、财政监督等部门的外部监督工作。
3、流转税管理处
负责流转税税政业务并对其执行情况进行监督检查；拟订有关流转税征收管理的具体办法；管理增值税专用发票；负责金税工程流转税业务的管理及推广应用工作。
4、所得税管理处
负责所得税税政业务并对其执行情况进行监督检查；拟订有关所得税征收管理的具体办法；负责城市商业银行、城乡信用社的财务制度管理工作。
5、国际税务管理处
负责国际税收协定执行、反避税实施、涉外税务审计、情报交换、我国及外国居民跨国收益税收监管等国际税务事项管理；负责现行涉外企业所得税税收政策管理并对执行情况和日常管理情况进行监督检查。
6、进出口税收管理处
负责国家进出口税收政策及管理办法的贯彻落实、日常监督检查工作；负责出口货物退免税的审核审批、年终清算；负责出口货物退免税信息化管理系统的推广应用和维护工作；配合有关部门组织实施反避税检查。
7、征收管理处
组织实施综合性税收征管法律、法规、规章制度和办法；组织实施税源管理和纳税服务；负责税收征管质量考核；负责征管文书和征管档案管理；负责税收征管软件和除涉及增值税防伪税控系统以外的税控器具的推广和应用；负责个体工商户和集贸市场税收征管；负责普通发票管理制度建设；负责对普通发票承印企业的管理；负责企业自印发票的审批及审核上报。
8、计划统计处
负责税收计划管理、税收会计、统计和信息数据的分析汇总；承担纳税人申报纳税信息的集中处理和会统核算工作，组织并检查税款入、退库；负责税源资料的调查和测算，进行税收分析，监控重点税源；负责监督检查税收票证的使用情况。
9、财务管理处
负责本系统经费、财务、基本建设、装备和资产的管理工作；组织内部审计和政府采购工作；负责机关财务管理及所属单位的财务管理和监督。
10、人事教育处
研究和执行人事管理制度；负责机构、编制、任免、考核、录用、调配、交流、辞退、劳动工资、人事档案管理、专业技术职务等人事管理工作;负责对下一级领导班子和领导干部的监督管理和后备人选的培养选拔工作；负责本系统思想政治工作、精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作；负责本系统目标管理考核工作。
离退休干部管理办公室(副科级，挂靠人事教育处)。负责机关离退休干部的管理和服务工作，指导本系统离退休干部的管理和服务工作。
11、监察室
负责对本系统各级国税机关及工作人员贯彻执行党和国家的路线方针及有关法律、法规、政策情况的监督检查；负责本系统党的纪律检查、行政监察和廉政建设工作；负责执法监察和纠风工作；负责本级管理干部信访举报、违法违纪案件和系统内重大案件查处工作。
机关党委办公室：负责局机关和直属机构、事业单位的党务、纪律检查、工会、共青团、妇联工作；负责市局机关精神文明建设和思想政治工作及计划生育工作。
12、办税服务厅：负责各县（市）、区车辆购置税征收工作。包括：车辆购置税征收；车辆价格信息采集；申请减免税车辆审核与报批；车辆转籍、过户、变更手续；特殊车辆资格认证和完税车辆档案日常管理。
（二）直属机构
稽查局
负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作；负责对年度计划确定的重点行业和税务违法案件的检查和处理工作；组织贯彻税务稽查规章制度，拟定具体实施办法；负责税收举报案件的受理、转办和查处；对下级税收检查情况进行复查复审；负责与公安、检察、审判机关协调税务稽查中的司法工作；负责金税工程发票协查工作；负责牵头组织税收专项检查工作。
稽查局内设机构5个，级别为正股级。分别是综合选案科、案件审理科、案件执行科、检查一科、检查二科。
（三）事业单位
1、信息中心
组织税收管理、综合行政管理等信息系统建设；执行信息系统管理制度和技术标准；建立、管理和维护计算机网络与涉税信息等综合数据库；参与组织应用软件开发和税控器具的推广、应用及技术培训工作；负责计算机设备的维修、维护、调配管理。
2、机关服务中心
拟定局机关后勤服务和行政事务的规章制度及管理办法并组织实施；负责局机关后勤服务的组织管理工作；负责局机关综合治理工作；负责局机关办公物品的采购、保管、分配和维修工作；负责局机关房产管理、安全保卫、医疗保健等工作；负责局机关装备管理。
3、票证中心
负责增值税专用发票的计划、接收、发放和保管工作；负责普通发票的计划、印制、发放和保管工作；负责编制上报普通发票防伪用品计划和日常管理工作；根据征管部门的审批意见，负责安排企业自印发票的印制；协助有关部门查处伪造、倒卖、私印发票等违法犯罪行为；协助有关部门监督检查纳税人发票使用情况；负责向上级报送税收票证的领用计划，向同级计划统计部门提供领、用、存季报表；负责税收票证的领取、发放、保管和缴销工作。
