个体户给公司开运输发票需要按照以下步骤进行：
首先，个体户需要提供运输服务并完成相关运输任务。其次，个体户需要根据双方协商的价格和结算方式，向公司开具运输发票。发票应包含运输费用、起运地、目的地、运输方式、货物数量、单价等信息。最后，将发票提交给公司，公司进行核对无误后，按照约定的方式进行付款。
在开具运输发票时，需要注意以下几点：
1. 发票信息应准确无误，避免出现错误或遗漏。
2. 发票应根据双方协商的价格和结算方式开具，避免出现纠纷。
3. 发票应及时开具并提交给公司，以便公司进行核算和付款。
为了更好地说明开具运输发票的流程，以下是一个例子：
假设个体户小张为公司A提供了运输服务，双方协商的运输费用为1000元，货物数量为10件，单价为100元/件。小张需要向公司A开具运输发票。
首先，小张需要完成运输任务，确保货物安全到达目的地。其次，小张需要根据双方协商的价格和结算方式，开具运输发票。发票应包含以下信息：运输费用1000元，起运地、目的地、运输方式、货物数量10件，单价100元/件等。最后，小张将发票提交给公司A，公司A进行核对无误后，按照约定的方式进行付款。
总之，个体户给公司开运输发票需要按照双方协商的价格和结算方式，准确无误地开具发票并提交给公司，以便公司进行核算和付款。