涂片镜检将病料涂于清洁无油污的载玻片上，干燥后在酒精灯火焰上固定，选用单染色法（如美蓝染色法）、革兰染色法、抗酸染色法或其他特殊染色法染色镜检，根据所观察到的细菌形态特征，作出初步诊断或确定进一步检验的步骤。分离培养根据所怀疑传染病病原菌的特点，将病料接种于适宜的细菌培养基上，在一定温度（常为37°C)下进行培养，获得纯培养苗后，再用特殊的培养基培养，进行细菌的形态学、培养特征、生化特性、致病力和抗原特性鉴定。动物实验用灭菌生理盐水将病料做成1:10悬液，或利用分离培养获得的细菌液感染实验动物，如小白鼠、大白鼠、豚鼠、家兔等。感染方法可用皮下注射、肌内注射、腹腔注射、静脉注射或脑内注射。感染后按常规隔离伺养管理，注意观察，有时还须对某种实验动物测量体温；如有死亡，应立即进行剖检及细菌学检查。
直接涂片检查：取混匀新鲜尿涂片，健康人的尿涂片无细菌。若每个油镜视野下可见1条或以上的细菌，提示为菌尿。并可行革兰氏染色，初步确定尿路感染细菌是阳性球菌或阴性杆菌。细菌培养：目前多采用定量接种环法，培养24h，计数菌落。阴性杆菌分裂快，菌落数>l〇5cfo/ml，提示菌尿，菌落数104〜105cfo/ml为可疑。阳性球菌分裂慢，菌落数>103cfU/ml为菌尿。结核菌检查：尿结核菌检查是确定有无泌尿系结核的重要方法，尿沉渣涂片抗酸染色较简单，阳性率为50%〜70%;清晨第1次尿送检则阳性率高。尿结核菌培养阳性率可达90%，但结核菌生长缓慢。使用改良罗氏培养基，一般需4〜8周始能报告结果。近年常用聚合酶链反应（PCR)方法，使含微量结核菌DNA扩增，40条结核菌即可有阳性结果，此法特异性强，2d可有结果，但时有假阳性或假阴性的情况。菌尿的辅助检查亚硝酸盐试验：革兰阴性杆菌如大肠、副大肠杆菌能将尿中的硝酸盐还原为亚硝酸盐，而球菌和结核菌无还原硝酸盐的能力，因此亚硝酸盐试验阳性，提示革兰阴性杆菌的感染。氯化三苯四氮唑试验（TTC试验）；大部分革兰阴性活杆菌能将无色TTC还原为红色的三苯甲替，而球菌及变形杆菌则呈阴性。故可用以初步判定是哪一类细菌感染。尿抗体包裹细菌（ACB):肾盂肾炎为肾实质感染，在细菌抗原作用下，机体可产生相应抗体，抗体将致病菌包裹，在荧光镜下观察用荧光素标记的抗人体蛋白抗体处理的尿细菌，若表面有荧光抗体包裹则大多属肾盂肾炎，膀胱炎为黏膜浅表感染，故细菌表面无荧光抗体包裹。用ACB法有助于上、下尿路感染的定位诊断。但在前列腺炎患者，其ACB试验亦呈阳性，应注意鉴别。其他：另外还有过氧化物酶试验、葡萄糖氧化酶试验、鲎试验及尿氧压测定均可帮助诊断尿路感染，但目前临床上应用较少。
痰结核菌常用的细菌学检查方法：(1)痰涂片镜检法是全世界的结核病实验室外都在使用的最基本的细菌学检查方法，其特点是简单、快速和价廉，当天出结果，但无法辨别死菌活菌；敏感性低，通常需5000-10000条菌/ml才能够得到阳性结果；特异性差，各种抗酸杆菌均可着色，需要通过进一步试验才可确定是否为结核菌，有关这一方法的改进研究和评价很多，但由于检测原理的限制，不可能出现突破性的进展。细菌学检查中常用的染色方法有：革兰染色法、姬姆萨染色法、瑞氏染色法、亚甲蓝（美蓝）染色法等。
（一）平板划线分离法
1.连续划线法
用接种环取标本少许，于平板1/5处密集涂布，然后来回作曲线连续划线接种，线与线间有一定距离，划满平板为止。
2.分区划线法
先将标本均匀涂布于平板表面边缘一小区，约占平板1/5面积，再在二、三、……区依次连续划线。每划完一个区，均将接种环灭菌一次。
（二）斜面接种法
该法主要用于单个菌落的纯培养、保存菌种或观察细菌的某些特性。用灭菌的接种环取单个茵落或少许细菌，从培养基斜面底部向上画一条直线，然后从底部向上作连续曲线划线，一直画到斜面顶端。
（三）液体接种法
用灭菌接种环取菌少许，在试管内壁与液面交接处的管壁上轻轻研磨，使细菌混合于培养液中。
（四）穿刺接种法
用接种针取细菌少许，从半固体培养基中央，平行于管壁垂直刺入，接近管底但不可接触管底，然后接种针沿原路退出。
（五）倾注平板法
将标本经适当稀释后，取一定量加入已灭菌的平皿内，倾人已溶化并冷却至45℃左右的定量培养基，混匀，待凝固后倒置、培养。根据培养基内的菌落数和稀释倍数，即可计算出标本的细菌数。
（六）涂布接种法
常用于纸片法药物敏感性测定，也可用于被检标本中的细菌计数。加定量的被检菌液于琼脂平板表面，然后用灭菌的L型玻璃棒反复涂布几次，使被检物均匀分布在琼脂表面，然后贴上药敏纸片培养，或直接培养观察结果。