一、自然环境原因
现有的这些贫困人口很多集中自然环境、自然条件极为恶劣的地区，贫困的发生与贫困程度与生态环境存在着密切的关系。这些地区农业的生产条件极差，水资源短缺、土地贫瘠、生产技术落后。而且由于山区、内陆等地形因素，导致与外界联系不畅，交通等基础设施较差。由于生产技术落后，反过来又加剧了环境的恶化，形成恶性循环。
二、结构不平等原因
制度的不平等、社会政策的不平等、资源分配和占有的不平等都有可能导致贫困，农民本身就处在一种相对弱势的地位，一些制度和政策的倾向性就可能不利于农民。比如在农村内部乡村干部成倍地增加，间接增加了农民的负担。
三、经济原因
在整个经济波动中或者萧条的经济背景下，农民受到双重压力，一是农产品价格大幅度下降，农业收入大幅度减少。二是在非农产业中就业的农民工受到排斥，使打工收入和非农经营收入减少。
四、贫困文化影响
贫困文化是贫困的人长期生活在贫困之中，形成了一套特定形式的生活方式、行为规范、价值观念体系等。穷人基本不能依靠自己的力量去利用努力摆脱贫困之命运成了一整套价值观念。这种亚文化会对周围人群，特别是后代产生巨大影响。贫困文化的延续与当地教育的落后有密切联系。比如，缺乏市场经济观念，缺乏创新与改革的意识，依赖政府的救济与扶持，安于现状。
五、农村教育、医疗和社会保障制度的落后和缺失
在自然环境恶劣的贫困地区教育与医疗水平十分低下，教师资源极度短缺，教育投资力度小，导致农民受教育水平低下、无技术特长。公共医疗体系不健全、基本医疗福利缺失，造成农民处于“有医无钱”的状态。身体健康得不得保护的情况下，农民创收和摆脱贫困只能是一句空话。还有如社会养老保险、医疗保险等严重缺失。一旦发生病死等风险，经济基础还十分薄弱的农民个人及其家庭很难抵御。社会保障资金落实难、政策覆盖范围小、救助标准低等，导致农村社会保障制度有名无实。