敌雷达和地面防空系统发动攻击时，EB-52将采用GPS／惯险制导的AGM-88D“哈姆”反辐射导弹或加装了反辐射导引头的先进反辐射导弹（AARGM）。其攻击方式有三种：
一是基本的自卫方式，即在载机上的雷达告警接收机探测到辐射源信号后，由机载发射指令计算机控制发射导弹；
二是预置方式，即向已知辐射源目标的位置发射导弹，导弹导引头按照预定程序搜索、识别、分类探测到的所有辐射源，自动锁定到预先确定的目标上，并对其进行跟踪直至摧毁；
三是随遇方式，载机飞行过程中导弹导引头处于工作状态，利用它比一般雷达告警接收机高得多的灵敏度对辐射源进行探测、定位和识别，并向飞行员显示相关信息，由飞行员瞄准威胁最大的目标并发射导弹。其中，前两种攻击方式属于“发射后锁定”方式，后种属于“发射前锁定”方式。