1968年2月25日，隶属美国中央情报局SAD/SOG小组的特工阿历克斯·梅森被绑在一间审讯室的椅子上，审讯他的两个人一直在试图从他嘴里套出一些关于一座数字电台具体位置的情报。游戏中的大部分关卡都是由梅森的回忆构成。
1961年4月17日，梅森偕同队友CIA特工伍兹、鲍曼组成了代号40的小组并一起参加了美国在猪湾事件中采取的军事行动，他们的任务是暗杀古巴领导人菲德尔·卡斯特罗。梅森顺利杀入卡斯特罗官邸内部并且亲手射杀了目标，之后三人虽然顺利登上逃亡的飞机，但是飞机因为机场的跑道被敌军车辆阻挡而无法起飞，梅森毅然跳下飞机利用跑道边的防空炮击毁障碍，飞机顺利起飞逃走，但梅森却被古巴军队抓获。
醒来后梅森的发现自己在海边，旁边有一艘写著“水中仙女”号的大货轮，原来他被古巴军队交给了真正的卡斯特罗。卡斯特罗将梅森当做“礼物”交给了他的盟友—苏联军队指挥官尼基达·德拉格维奇将军处置，并请德拉格维奇折磨梅森。
梅森在苏联的沃尔库塔劳改营里，其间结识了维克多·雷泽诺夫，一名苏联红军老兵，并和他成为难友。雷泽诺夫告诉梅森：负责拷问梅森的是德拉格维奇和他的副手列夫·克拉夫钱科上校以及弗雷德里希·施坦纳——一名投降苏联的前纳粹德国科学家。他们三人都与雷泽诺夫有着深切联系：1945年10月29日冬天，雷泽诺夫、德拉戈维奇、克拉夫钱科以及德米崔·彼得连科所在的苏军突击队奉命去北极圈寻找施坦纳。
三人被捕后被关在老挝某处审讯，德拉格维奇派遣了一队苏联特种部队协助越共游击队看管被关在水牢中的三人，一名苏联特种部队军官出于无聊让三人玩俄罗斯轮盘取乐，鲍曼因不满并出言不逊而被打死，随后梅森与伍兹互相配合，借机杀了几个看守逃了出来，并抢来了苏军停在营地门口的直升机。两人开着抢来的直升机摧毁敌人的一个营地以及其输油管。
随后二人又杀到另一处基地，营救了一队被俘的美军并与雷泽诺夫再次相遇。并得知克拉夫琴科就在基地里，最后梅森被克拉夫钱科偷袭时，伍兹用匕首刺中克拉夫钱科，并抱着试图引爆随身炸药的后者冲出玻璃窗同归于尽。
与此同时，梅森的同僚哈得逊和威弗尔在香港九龙城寨找到了克拉克博士并开始拷问他。克拉克供出了施坦纳以及隐藏在亚门图山脉中的一座秘密实验基地，这时苏联特种部队却在克拉克说出更重要情报时突袭。虽然克拉克释放了事先布置好的毒气使苏军遭受重创，并带领两名特工逃到其私人军火库拿上武器反击，途中克拉克说出了一串数字，但是在他刚要说出这串数字的含义的时候却被苏联狙击手击毙。哈得逊和威弗尔则在援军到来后成功撤退。
这时时斯坦纳破解了哈得逊等人的无线电频率，联系并告诉哈得逊，德拉格维奇正在清理所有与“诺娃六号”有关的设施和人员，自己也将遭殃，同时又让他们来自己的所在的基地——位于咸海的沃兹罗日杰尼耶岛来设法阻止播放数字密码的电台：这组密码将会让德拉格维奇指派潜伏在美国城市里的大量苏联特工接到在城市里释放“诺娃六号”毒气的指示密码，只有斯坦纳自己知道如何停止广播。之后威弗尔拍下了布置点，大家便杀出基地。
而梅森自从越狱之后一直以来看到与雷泽诺夫“一同”战斗的影像其实都是因为痛苦至极的洗脑过程所产生的人格分裂所构成的幻觉。而实际上，雷泽诺夫一心想要报仇，所以他对梅森洗脑程序动了手脚，在越狱之前把给梅森灌输的暗杀肯尼迪的指令改成了杀死德拉格维奇、克拉夫钱科和施坦纳。在审讯中经常能听到有人在读的奇怪数字就是德拉格维奇广播的数字。但危机已经迫在眉睫，由于斯坦纳已死，没有人知道德拉格维奇广播站的具体位置。
哈得逊让梅森听了最后一遍数字广播的录音，让梅森在经历了想象与现实的痛苦抉择之后想起了他以前在古巴见过的一条苏联船：“水中仙女”号，并确定那就是数字电台的所在。拂晓时分，一行人随大队乘直升机在古巴附近水域找到了那艘船，并对其发动了攻击，德拉格维奇布置了重重防御，但还是被美军突入。
哈得逊和梅森在突入成功以后，搜查船底时在其下方的水底发现了一座隐藏着的水下电台，它其实也是一座为成功释放毒气后入侵美国本土的苏联潜艇编队所设的补给站。在确认“水中仙女”号就是数字电台后，哈得逊呼叫美国海军在15分钟之内对该船实施打击，但是梅森坚持要继续搜寻并亲手杀死德拉格维奇。随后二人潜入水中，发现了一座德拉格维奇修建的水下基地，最后两人在水下基地的最底层找到并最终杀死了德拉格维奇，然后安全返回海面。
成功游出水面后，威弗尔宣布了胜利，可梅森还是不敢确定。最后在肯尼迪的影片中居然出现了梅森的身影，其实最诡异的还是溺死德拉格维奇时，梅森质问德拉格维奇在脑中试图植入指令(洗脑)的事情。梅森指责德拉格维奇“试图”给他洗脑让他暗杀自己的总统，最后德拉格维奇死前用反问句非常轻蔑地说“Tried？！”
加上最后一段过场中的女人仍然在广播着数字和梅森出现在肯尼迪遇刺的照片里，事实上肯尼迪遇刺案发生于1963年11月22日星期五下午12:30，正是梅森回到美国本土之后。因为剧情有一个五年的空缺，五年间发生了什么没人知道，由此可知于五年前刺杀肯尼迪的可能正是梅森，而梅森此时大脑相当混乱，可能没意识到已经杀了肯尼迪，故事结束。
扩展资料：
角色介绍——
1、亚历克斯·梅森
在阿拉斯加出生长大，由于梅森家乡阿拉斯加州与苏联靠得很近，导致梅森比大多数美国人更早的感受到冷战的威胁。这是拥有强烈反共理想并最终加入USMC的原因。该候选人年轻时经常与其父亲去阿拉斯加荒地上打猎（麋鹿和灰熊）。
所以这名候选人可以在寒冷环境中熟练使用战斗技巧而且是一名优秀的狙击手。该候选人在25岁时被招募到SAD/SOG，结束了在海军陆战队模范式的服役期。成为机构一员后梅森立下不少战功，并与许多机构同事打成一片，尤其是与FrankWoods。
2、维克多·雷泽诺夫
作为经历过血泪洗礼的二战老兵，雷泽诺夫认为能像一个英雄一般返回祖国。然而，命运被一个战后任务“奥林匹斯行动”永远地改变了。
老战友彼得连科在行动中被德拉格维奇用毒气害死，发誓一定要杀了德拉格维奇，为老战友复仇。在发现梅森被洗脑后，趁机在梅森脑中灌输了“德拉格维奇，科拉夫琴科，斯坦纳必须死”的概念，梅森也一一做到了。
3、贾森·哈德森
抛开的年龄不说，雷泽诺夫是一个完成任务的机器，能够让阻碍前进的任何事物感受到什么叫痛苦。间歇性地爆发出强烈暴力倾向很明显地体现了这一点。
修有心理学和政治学双学位的贾森·哈德森从Georgetown大学毕业后，经学业导师和前OSS外勤特工MarshallBryant的推荐被招入机构。哈德森在执行任务时总能发挥出那天才般的智商，是一名出色的军师和任务协调官。因此，也受到CIA的重用。考虑到领导和危机管理能力，哈德森将会持续收到重用。
尽管哈德森的许多任务使其远离战场一线，但Hudson依然是一名合格的战士，尤其是执行需要技巧计谋的任务时更能体现这点。