目前也是可以直接在医院的设立的医保办直接办理结算的。
流程是：
入院时：参保人员凭身份证和医生入院安排，先缴纳住院押金住院。
出院时：医生安排出院，到医院住院收费处办理出院费用结算。然后将住院单据、收费单据、参保的医保卡和身份证，到设立在医院的医保办进行现场结算，报销条件一定要符合居民医保报销条件的，报销比例是根据医院等级报销，还有医院设立了报销起点的。具体根据各地政策不一。
新农合医保是国家对农村户籍的人员设立的一种医保制度，是目前我国涉及面最广的一种新型农村合作医保。每年缴纳50元左右费用，能够享受住院费用的报销。门诊费用也可以按比例报销。目前有些地区已经推广到农村医生看病都可以报销部分费用的
新农合的医保住院报销与城镇居民医保报销差不多。现在也是在医院的医保办直接结算报销的。
流程是：
入院时，参保人员凭身份证和医生的安排，先到医院住院收费处办理入院手续，缴纳住院押金。
出院时，根据医生的安排出院，办理出院手续和费用结算，然后将收据、住院单据、身份证、医保卡到医保办，办理住院报销。
以上三种医保的报销现如今都已经简化流程，很方便参保人员报销。但是各个地方的法规政策不一样的。具体操作还需按照当地流程。