研究所在为国民经济服务方面，开展了海洋经济动植物的生物学和人工养殖原理研究，先后进行了海带、紫菜、中国对虾、贻贝、海湾扇贝等人工养殖原理和方法的研究，做出了许多开创性和奠基性的工作。
据2015年10月研究所官网显示，海洋所共取得900余项科研成果，其中国家一等奖6项，国家二等奖24项，全国科学大会奖15项，山东省科技最高奖3项，中科院和省部委重大成果奖、科技一等奖127项，国际奖16项。共发表论文9400余篇（其中SCI/EI收录论文2600余篇），出版专著210余部；共获国际发明专利授权7件，国家发明专利授权270余件，实用新型专利授权140余件，外观设计专利50余件。 《海洋科学》是由中国科学院主管、中国科学院海洋研究所主办的学术性期刊， 1977年创刊。及时报道海洋学及其分支学科的新成果、新理论、新观点、新工艺和新进展。尤其对重大科研和应用研究成果特别予以优先报道。主要刊登海洋生物、海洋水产生产、海洋活性物质提取、海洋环境保护、海洋物理、物理海洋、海洋地质、海洋化学、海洋工程、海洋仪器研制等方面的文章。《海洋科学》 是 中国自然科学核心期刊、华东地区优秀期刊、中国科学院获奖期刊、山东省优秀期刊。该刊已被中国国外数据库如美国的《化学文摘》（ CA）、英国的《剑桥科学文摘》和联合国的《水科学和渔业文摘》（ASFA）收录；被中国的《中国期刊全文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中文科技期刊数据库》、《中国海洋文献数据库》等十几个数据库收录。
《中国海洋湖沼学报》（英文版）是由中国海洋湖沼学会主办、中国科学院海洋研究所承办的一级学报类学术期刊，1982年创刊。该刊主要刊登内容为海洋湖沼科学及相关的生物、水产养殖、物理、气象、化学、地质、水文、地貌、工程、环保、遥感、仪器等方面的国内外最新研究成果，包括论文，简报，综述等。该刊已被SCI-E、CA、AJ、BA、OA、ASFA、BIOSIS、CBA、南非NISCSA、中国期刊全文数据库(CJFC)、中国学术期刊文摘、海洋文献数据库、中国生物学文献数据库、中国科学引文数据库,中国核心期刊数据库、中文科技期刊数据库、中国科技论文统计源期刊，以及中国台湾CEPS等文摘杂志及数据库收录。
《海洋与湖沼》学报是中国海洋湖沼学会主办的、中国海洋湖沼科技领域最有影响的基础性综合学术刊物之一。该刊创办于1957年，中国科学院海洋研究所相建海所长担任主编。刊物以报道基础和应用基础研究成果为主，特别重视刊载有影响的重要技术研发成果的论文。刊物内容涉及水圈范围内的生物学、物理学、化学、地质学等学科及其分支学科，形式有论文、研究简报、高新技术、高水平综述、学术争鸣等。自 2002 年起，《海洋与湖沼》是中国水科学领域唯一受中国科协择优资助的期刊，同时也是受中国科学院择优资助的刊物。据中国科技信息所资料显示，1996—2006年《海洋与湖沼》的影响因子和总被引频次均居中国水科学领域期刊首位，其中2006年的影响因子为 1.634（他引率为0.9）, 总被引频次为 1772次。
《海洋科学集刊》系中国科学院海洋研究所主办，科学出版社出版发行。 1959年由中国科学院院士曾呈奎先生创办，系海洋科学领域综合性刊物，以报道基础理论研究、应用基础研究为主，特别是以生物学的分类学科为重点，并已作为核心期刊被联合国《水科学和渔业文摘》、中国海洋文献数据库、《海洋文摘》、《中国生物学文摘》、中国生物学文献数据库、中国期刊全文数据库（清华光盘版）和中国科技期刊精品数据库收录。 1994年及1995年该刊被中国科学引文数据库列为被引频次最高期刊前500名之一。
