西红柿病害种类较多，主要病害有病毒病、晚疫病、灰霉病、叶霉病、早疫病和溃疡病等。
这些病害在实际生产上常常同时发生，交替发生，而且发病早、来势猛、流行快、危害重，虫害主要是蚜虫、温室百粉虱和棉铃虫等。
苗期容易感染立枯病、枯萎病，害虫有白粉虱、蚜虫、蓟马等，应注意防治，播种前用50--52℃热水浸泡20分钟，可杀死种子内外大部分病菌，然后再进行浸种催芽。
苗床土壤消毒，每平方米苗床加5-10克雷多米尔充分混匀后播种，盖土也要经过同样处理，可防治苗期大部分病害。
前期温度高容易发生各种病害如根腐病(死棵)、早疫病、叶霉病等，个别大棚可能发生菌核病。11月份重点防治灰霉病。
由于温度低，果实的不正常生长和植株不正常表现多是低温所致，并非由病原菌导致病害发生，这种病害称之为非侵染性病害。