黑客帝国4的时间在锡安保卫站的60年后，此时的锡安已不是锡安，名字变成了艾欧，人类学会了与一小部分机器共存，种出了水果。
在影片的开头，白兔女（八哥）重温了黑客帝国1，遇到了墨菲斯（新演员），两人联手寻找neo。
而neo被复活后记忆被清除了又没完全清除，成为了一个游戏设计师，neo去了咖啡厅，遇到了崔尼蒂，和neo聊了聊，neo开始觉得不对劲，就去找了心理医生，而心理医生就是构建师
构建师到neo要觉醒了，就给neo蓝色药丸（继续在矩阵日复一日生活）
neo设计了黑客帝国3部曲游戏，剧情和黑客帝国一样，而老板是华纳兄弟（电影就是这样说的），华纳兄弟强迫黑客帝国出续集，如果不，就与他停止合约，所以被逼无奈，公司开了个会，其中还说的黑客帝国可能会出更多续集。
越来越多的熟悉幻觉和事物发生，与neo设计的游戏相似，neo再次遇到崔尼蒂，neo更加坚定了自己的记忆。neo回到公司，公司里有人按下了紧急按钮，开始疏散，此时neo收到了墨菲斯发的信息，墨菲斯找到了他，想让neo吃红色药丸离开矩阵，可neo却觉得这是幻觉。
马上，警察赶进来，neo和墨菲斯成了目标，neo的老板赶到，看着地上那把枪，恢复了记忆，直接上经典台词（安德森先生）瞬间闪到了建构师家（电影里就这样我也觉得奇怪），建构师提示了neo游戏与生活相似。neo觉得自己会飞，于是就到阳台上准备要“飞“的时候，被白兔女拉了下来，白兔女带neo见墨菲斯，neo吃下了红色药丸，离开了矩阵。
同时发现了崔尼蒂（被机器复活了），于是neo来到了艾欧，neo费尽千方百计想救出崔尼蒂，于是neo进入矩阵到崔尼蒂的工厂想找崔尼蒂，却遇到了史密斯以及neo的仇人（流放者，火车站的那个），neo和史密斯直接打到地铁，仿佛回到了黑客帝国1，两日重新开打，neo用气功打败史密斯。
架构师和neo双方都带了人来到咖啡厅，但是是否离开矩阵还是由崔尼蒂选择，另一半白兔女已经在崔尼蒂的培养盆旁边移植崔尼蒂的管子，而崔尼蒂已经在矩阵越陷越深（有了自己的家庭），崔尼蒂来到咖啡厅，架构师也在等待崔尼蒂的选择（如果崔尼蒂没有选择neo，那么neo就得留下），结果崔尼蒂没有选择neo，另一半也准备拔掉neo的管子（强制离开好像）。
但就在崔尼蒂要出门的那一刻，瞬间回忆起来了，架构师启动了蜂群（控制人们的思想），直接开打，两人手拉手直接释放冲击波，架构师缓慢了时间，拿枪准备杀死崔尼蒂，史密斯突然起来把架构师揍了一顿（史密斯是个bug），对neo说了一句”我们暂时的合作结束了“史密斯离开了这里（史密斯并没有死），而此时整个矩阵的人都成了蜂群，开始追杀neo和崔尼蒂，两人终于逃到楼顶，neo用气功引开了导弹，两人手牵手跳下楼，neo却不会飞，四周都是飞机，崔尼蒂拉住neo的手（只有崔尼蒂会飞），对neo说了句bye，就要把neo丢到楼顶，但就在此时，两个人离开了矩阵（真的是这样），所有人都站在一起，没有人离去。（完美结局）
neo和崔尼蒂来到了架构师家，把架构师揍了一顿，准备重建矩阵，人们的思想。
《黑客帝国4》影视介绍
《黑客帝国4》又名《黑客帝国：矩阵重启》是拉娜·沃卓斯基执导的科幻动作片，由基努·里维斯、凯瑞-安·莫斯、贾达·萍克·史密斯、叶海亚·阿布杜尔-马丁二世、朴雅卡·乔普拉、尼尔·帕特里克·哈里斯主演，于2021年12月22日在北美上映，2022年1月14日在中国内地上映。
该片是《黑客帝国》系列电影的第四部，剧情承接《黑客帝国3：矩阵》，尼奥和崔妮蒂将以某种方式复活，继续与机械大军对抗。尼奥失去了记忆，但潜中无处不在的“既视感”时刻困扰着他，这使他痛苦万分。尼奥接受了心理医生（尼尔·帕特里克·哈里斯饰）的治疗，向其讲述自己的梦境，随后他服用了一种蓝色药丸。接着，他遇到了一个穿着像墨菲斯的人，墨菲斯给了他一片红药丸。一切都是那么的熟悉但是又无比陌生。时隔二十年，尼奥重返矩阵，这次，面对红蓝药丸，他会做出怎样的选择？
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