东南dx3使用了三款变速箱，分别是：5速手动变速箱、6速手动变速箱和CVT变速箱。
5速手动变速箱采用5个前进挡和一个倒档，手动变速器（MT），也称手动挡，需要用手拨动变速杆才能改变变速器内的齿轮啮合装置，从而改变传动比，达到变速的目的。
6速手动变速箱是在5速手动变速箱总体前进速度不变的前提下，把档位细化以求平稳。6速车在发动机转速相同的前提下，比5速车提高了前进速度，降低了油耗。
CVT变速箱是一种比较常见的自动变速箱，这种变速箱经常可以在一些价格便宜的自动挡家用汽车上见到，还可以在很多日系车上见到。CVT变速箱的内部结构非常简单，只有两个锥轮和一个钢片链条，钢片链条可以在锥轮上移动，实现变速变扭。CVT变速箱可以在某个速比范围内实现无级变速，结构简单，零部件数量少，所以制造成本低。CVT变速箱的可靠性耐用性也是比较好的。但是CVT变速箱的缺点是无法承受较大的扭矩，一般的性能车和超跑会使用AT变速箱和双离合变速箱。