不合法，《劳动法》第50条明确规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
因此，员工工作1天可获得1天的工资。同理，员工缺勤1天，公司也可以不支付其当天的工资。但是，如果公司扣3天工资，多扣的2天工资要计算到该员工其他正常工作日的工资里边去。而这样做，就属于克扣工资。
根据《劳动法》第3条、第46条规定，劳动报酬权是劳动者8项基本权利之一，工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。也就是说，在劳动者提供劳动义务的前提下，用人单位有义务支付提供劳动报酬，而“旷工1天扣3天工资”的规定，变相剥夺劳动者获得劳动报酬的权利。
扩展资料
“旷工一天扣三天工资”之规定应属无效：
首先，“旷工一天扣三天工资”之规定侵犯了劳动者获得劳动报酬的权利，严重违反了公平原则。劳动者享有平等就业和选择职业的权利、取得劳动报酬的权利，劳动者正常提供了劳动，即使在一定期间存在旷工的情形，对于实际提供正常劳动的天数有权获得相应的报酬。
其次，“旷工一天扣三天工资”之规定明显属于变相克扣员工劳动报酬。员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣三天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就属于变相克扣工资。
最后，“旷工一天扣三天工资”之规定违反了《劳动合同法》第二十六条。
《劳动合同法》第二十六条规定：“下列劳动合同无效或者部分无效：
（一）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的；
（二）用人单位免除自己的法定责任、排除劳动者权利的；
（三）违反法律、行政法规强制性规定的。”
“旷工一天扣三天工资”之规定明显免除了用人单位支付劳动报酬的法定责任、排除了劳动者获取劳动报酬的权利，应属无效。
法律依据：《劳动法》
第五十条 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
《工资支付暂行规定》
第十六条 因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20％。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
《劳动保障监察条例》
第十条 劳动保障行政部门实施劳动保障监察，履行下列职责：
（一）宣传劳动保障法律、法规和规章，督促用人单位贯彻执行；
（二）检查用人单位遵守劳动保障法律、法规和规章的情况；
（三）受理对违反劳动保障法律、法规或者规章的行为的举报、投诉；
（四）依法纠正和查处违反劳动保障法律、法规或者规章的行为。
《劳动争议调解仲裁法》
第二条 中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（三）因除名、辞退和辞职、离职发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
第五条 发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
旷工一天扣三天工资的规定，侵犯了劳动者劳动报酬权，是违法的。《劳动法》第50条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这就涉嫌克扣工资了。
从劳动者的基本权利、工资分配原则以及扣减工资的本质上寻找答案。首先，根据《劳动法》第3条规定，劳动报酬权是劳动者八项基本权利之一。根据《劳动法》第46条关于“工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬”之规定，在劳动者提供劳动义务的前提下，用人单位有义务支付提供劳动义务期间的报酬，而“旷工一天扣3天工资”的规定，是变相剥夺劳动者获得劳动报酬的权利。其次，这一规定带有经济处分性质，而经济处分在本质上就是罚款。关于罚款的合法性问题，目前的主流观点是不认可罚款合法的。最后，这一规定也违反了公平原则，劳动者出勤一天只发放一份工资，旷工一天却要扣去三份工资，劳动者不能信服。
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扣三天的工资是属于不合法的行为。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条的规定工资支付形式工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。