法律分析：可以去工程所在地或被告所在地人民法院起诉，管辖法院应该是区或者县人民法院。拖欠工程款属于民事纠纷，清欠办只负责农民工工资，所以应该在应付工程款之日起两年内到法院起诉。凭借欠条可以直接起诉建设单位，但是应当尽可能提供施工合同，竣工结算文件。
法律依据：《最高人民法院关于集中清理拖欠工程款和农民工工资案件的紧急通知》第五条 在清理拖欠工程款和农民工工资案件的过程中，对于依法提起诉讼的案件，人民法院应当尽快立案，尽快审结；依法申请人民法院强制执行的，人民法院应当及时办理，尽快执结；需要转由地方人民政府负责清理和协助执行的，应按照本通知第三条的要求处理。