术赤的身世之谜如今是解不开的问题，只能说历史上留下了这个热议话题，再加上一些历史事件的“推波助澜”，使得术赤的身世进一步被覆盖迷云。这一切都源于铁木真的新婚妻子孛儿帖被蔑儿乞人脱黑脱阿抢走，待到铁木真夺回妻子时，妻子已有身孕，且在回家的途中生下了术赤。
术赤的出生
“到了晚间，布置已妥，德薛禅即命女儿孛儿帖换了装，登堂与帖木真行交拜礼。礼成，夫妇同入内帐”。——《元史演义》
关于孛儿帖被抢走一事，《元史》和《蒙古秘史》都含糊其辞的说是新婚之初，具体是结婚了多久没有明确记载，那么就为术赤这个孩子的身世埋下了疑惑。但《元史演义》则说了铁木真与孛儿帖成婚入洞房之事，这个事件是比较靠谱的，因为铁木真在史籍里也是前往德薛禅家里娶的孛儿帖，德薛禅在自己家给孩子办了婚礼，二人便有了夫妻之实，这与蒙古人的婚礼习有一定关系，即男方到女方家投宿娶亲的传统婚俗。所以不论孛儿帖是何时被蔑儿乞人掳走的，她与铁木真都有可能怀下术赤。
有说法认为孛儿帖被抢走的时间为九个月，返回蒙古部落时产下术赤，这也符合《蒙古秘史》记载的铁木真和孛儿帖在呼和淖尔举行完婚礼以后，到距离呼和淖尔几公里远的青克仁河（现蒙古国内）度过了新婚蜜月。蜜月过后才被蔑儿乞人抢走，这说明此时的孛儿帖已经怀了铁木真的孩子。后来铁木真营救孛儿帖时，得知脱黑脱阿为了给赤列都报仇（铁木真的爹抢了人家老婆），因赤列都已经去世，所以准备把孛儿帖送给他弟弟赤勒格儿为妻，但掳走八九个月了一直未成婚，这只能解释为孛儿帖已经出现了怀孕后的反应，故而没有成为赤勒格儿的妻子。
如果按照上述推理，时间上和事件上皆能证明术赤就是铁木真的亲儿子。但问题是现存《蒙古秘史》本身就是在诸多史料缺乏和遗失后拼凑起来的，它确实是被视为研究蒙古历史的正史资料，但它是否完全还原当初的那本蒙古历史著作并不能断言。当初“惊蛇屈蚓，有如天书符篆”的畏兀儿体蒙古文也许才是最真切的历史真相。
而《元史演义》更不能当作史料来看。波斯人所著的《史集》强调了孛儿帖被掳走前就已经怀孕，而这个腹中之子正是术赤。法国人所著的《草原帝国》中，则对术赤的身份持怀疑态度，认为术赤也有可能是蔑儿乞人的后代。反正在诸多史书或者文学著作中，术赤的身份皆没有定论。这就让各种焦点聚光于术赤这个名字上，这在蒙古语中是“客人”的意思，铁木真为何为自己的儿子取名客人之意？难免让人觉得铁木真认定了这个孩子不是他自己的。
推波助澜
继承人选
“曰：拙赤乃我诸子之长也，汝其云何？试言之。未及拙赤出言，察阿歹先言曰：俾拙赤言之者，欲委拙赤之言也。我等曷需此拾自蔑儿乞歹者流治之也耶？”——《蒙古秘史》
虽然正史中没有明说，但总会留下一些“蛛丝马迹”给后世猜测，最明显的就是铁木真西征花剌子模前，准备立继承人，此时察合台站出来讲话了，意思就是不能让大哥做继承人，因为他是蔑儿乞人。这番言论出自弟弟之口属实是有些诧异，若非传言较多，弟弟怎么会这么了解哥哥的身世呢？据说铁木真听了这番话也是憋的满脸通红，当面斥责察合台不要胡说，还说了句“难道那不是你哥哥吗”？这句话倘若真是铁木真所言，场面也是极为尴尬的。
蒙古民族对统治者的血统比较看重，身为黄金家族的四位亲兄弟，在铁木真在世时就表现出了不和，特别是察合台与窝阔台针对术赤，矛盾激化的人人皆知。在立继承人的问题上，察合台既然将矛盾摊开在台面上，也就明摆着是害怕术赤即位后会报复他的排挤。铁木真身为父亲当然也能看出来这一点，察合台这么一闹，也间接促进了窝阔台成为继承人。由此可以看出铁木真选择继承人的用意，一是蒙古帝国扩张之后更需要政治智慧较佳的领袖，二则是为了维护子嗣之间的和平局面，所以放弃了军功更高的术赤，这一方面，并不能说是因为术赤的身世问题。
封地偏远
1224年蒙古大军西征结束后，成吉思汗分封诸子，术赤的封地为花刺子模海（今咸海）、宽田吉思海（今里海）以北的钦察故地，这是离蒙古帝国首都和林最远的封地，所以也有言论说术赤是因为身世问题被留在了帝国边疆，但这个说法也没有太大的说服力。
不得不说，术赤封地偏远最主要的因素是他自己的主观愿望。术赤本来是与察合台一起攻打花剌子模首都玉龙杰赤的，因为这两人不和，所以各打各的，久久不能克城，最后成吉思汗令窝阔台独自施令拿下了玉龙杰赤。灰头土脸的术赤在此战后便返回其也儿石河旁的辎重所驻地，其实在“河中之战”时，攻打花剌子模的主帅就是术赤，察合台与窝阔台皆为副，由于与弟弟察合台不和，攻城不利被撤下，换成窝阔台当了主帅，可想而知术赤的心情，于是术赤在西征结束后也向成吉思汗申请，愿意留在阿尔泰山附近，说白了继承人已无望，回去还得面对弟弟的嘲讽，还真不如留在西边，如果有机会还能继续向西扩张。成吉思汗也是以术赤在西征中的战功为依据，将其封在了钦察故地。
铁木真动怒
铁木真欲讨伐术赤的记录其实也是一场误会，如果将这件事拉扯上术赤的身世，未免有些牵强。事情的起因便是成吉思汗召见术赤，但正逢术赤重病缠身，没有及时回复成吉思汗，又因路途遥远，回禀成吉思汗的使者久久未能赶到，这便造成了父子两人的误会。后来还有人诬陷术赤，称术赤尚能骑马打猎，更本没有生病，这便使成吉思汗更加恼火，故而才有了欲讨伐之事。后来术赤病重去世，成吉思汗也是悲痛万分，且相当自责。
综上，其实中世纪的蒙古人在婚俗上确实存在抢婚与聘婚两种，故而通过抢婚形式娶到老婆的蒙古人难免会遇到子嗣血统问题，久而久之他们也就不会太在意这个血统的纯正性。只不过身为黄金家族，术赤的血统被无限放大，才会引起后世的热议，对于这个问题，成吉思汗的心胸是宽广的，他对待术赤并没有不公平的对待，与其他儿子一样重用，重赏。术赤也没有愧对黄金家族的荣耀，他在蒙古帝国的战争中屡立战功，故而也没有必要争论他到底是蔑儿乞人，还是黄金家族！