南京博物院；南京市博物馆（朝天宫）；南京六朝博物馆；南京中国近代史遗址博物馆（总统府）；江宁织造博物馆；南京中国科举博物馆；江苏江宁汤山方山国家地质公园博物馆；瞻园（太平天国历史博物馆）；明城垣史博物馆（台城）；江宁区博物馆。
1、南京博物院
地址：南京市玄武区中山东路321号，紧邻中山门
南京博物院为全国第三大博物院，可在历史馆见证古代文明，在特展馆欣赏镇馆之宝，在艺术馆徜徉书画天地，在数字馆体验现代科技，在民国馆了解老南京，在非遗馆趣闻旧民俗。
2、南京市博物馆（朝天宫）
地址：南京市秦淮区建邺路朝天宫4号
南京市博物馆是南京市博物总馆分支机构，是一座综合性历史艺术类博物馆。南京市博物馆藏品内涵丰富，是各个历史时期的文物精粹的典型代表。常设展览包括“龙蟠虎踞-南京城市史”、“玉堂佳器-馆藏精品展”、“云裳簪影-宋明服饰展”等。
3、南京六朝博物馆
地址：南京市玄武区长江路302号
南京六朝博物馆位于南京总统府东侧，长江路与汉府街的交会处，东侧和北侧的负一楼至三层是博物馆。六朝博物馆展陈的核心主题是展示“东方大都会”的风采，内设《六朝帝都》、《千古风流》、《六朝风采》和《六朝人杰》四个展览。
4、南京中国近代史遗址博物馆（总统府）
地址：南京市玄武区长江路292号
南京总统府分三个参观区域：中区(中轴线)主要有国民政府、总统府及所属机构；西区有孙中山临时大总统办公室、秘书处、西花园、孙中山起居室以及参谋本部等；东区主要有行政院、陶林二公祠、马厩和东花园等。在三个参观区域中，又分布着总统府文物史料、孙中山与南京临时政府、太平天国、清两江总督署等十多个文物史料和复原陈列。
（图源摄图网，ID501596658）
5、江宁织造博物馆
地址：南京市玄武区长江路123号
江宁织造博物馆是在江宁织造旧址上建造的一座现代博物馆，它涉及江宁织造府本身的历史，织造府所辖之织造局的云锦生产历史，以及与织造府有密切关联的历史巨着《红楼梦》及其作者曹雪芹。博物馆集中展示了一府《织造》、一馆《云锦》、一楼《红楼梦》、一园《园林》。
6、南京中国科举博物馆
地址：南京市秦淮区贡院街95号
新设计的科举博物馆犹如埋藏在地下的一个历史宝匣，它以刻满历代状元名录的魁星堂为核（暗示科举学而优则仕之核心），以刻满经史子集文字的石墙为皮（暗示科举的内容），以科举的历史变迁分层（隋、唐、宋、元、明、清……如同科举历史册页），将科举的千年历史收藏其间，等待开启。
7、江苏江宁汤山方山国家地质公园博物馆
地址：南京市江宁区汤山街道汤泉西路169号
江苏江宁汤山方山国家地质公园博物馆坐落于汤山·方山国家地质公园内，是一座以“汤山地质”为基础、“生命进化”为线索的综合类博物馆。博物馆内设地层天书厅、人类密码厅、临展厅、多功能厅、咖啡餐饮等公共服务设施。
8、瞻园（太平天国历史博物馆）
地址：南京市秦淮区瞻园路128号
瞻园分东西两个部分，大门在东半部，二进大厅上有郭沫若题写的“太平天国历史陈列”匾额，主要陈列文物有天父上帝玉玺、天王皇袍、忠王金冠、大旗、宝剑、石槽等300多件，总陈列面积约1200平方米。
9、明城垣史博物馆（台城）
地址：南京市解放门8号
明城垣史博物馆重点收藏明代铭文城砖及众多相关的文物资料和文献资料，标本城砖达600多种，其中还有明代宫廷专用的“金砖”。馆内设有《南京城墙》基本陈列，系统地介绍了南京城墙的历史沿革、建造特点以及它在中国和世界城市发展史上的地位和价值。
10、江宁区博物馆
地址：南京市竹山桥内
江宁博物馆成立于1993年，坐落于松竹苍翠的竹山公园、秦淮河畔，有馆藏文物近5000件。