南通大学共有三个校区，分别是主校区、启秀校区和钟秀校区。
主校区位于南通市崇川区，是南通大学的主要教学区，拥有较为完备的学科体系和教学资源。该校区主要包含文学院、理学院、工学院、医学院、商学院等院系，涵盖了文学、理学、工学、医学、经济学等多个学科门类。其中，医学院是南通大学的重点学院之一，具有较高的教学水平和科研实力。
启秀校区位于南通市崇川区启秀路，主要承载了南通大学的部分文科专业和艺术类专业，如法学院、艺术学院等。该校区环境优美，设施完备，为相关专业的学生提供了良好的学习条件。
钟秀校区位于南通市港闸区，主要承载了南通大学的部分理工科专业和应用技术类专业，如建筑学院、计算机科学与技术学院等。该校区注重实践教学和应用创新，为学生提供了较多的实践机会和实践课程。
以上仅是简要介绍，具体院系设置和学科门类可能会随着学校的发展而有所调整，建议查阅南通大学官网或咨询相关工作人员获取最新信息。